对新
《土地管理法》实施后到《
国务院关于深化改革严格土地管理的决定》（国发〔2004〕28号）下发前各类违法违规用地行为，属于政府责任的，由当地政府向上一级政府作出深刻书面检查；属于用地单位或个人责任的，由当地国土资源管理部门依法处罚。在落实耕地占补平衡、做好征地补偿安置工作后，对于符合土地利用总体规划的，依法办理用地手续；不符合土地利用总体规划的，依法调整规划并补办用地手续。
对国发〔2004〕28号文件下发后发生的违法违规用地行为，必须坚持“既处理事、又处理人”的原则，经依法处理后补办用地手续。其中，对国发〔2006〕31号文件下发后顶风违法违规的，要依法从严处理。
（二）关于经营性用地
对于在2002年7月1日前市、县政府已经进行了前置审批或市、县政府已经与开发商签订了书面项目开发协议并实施建设的经营性用地，可继续以协议方式供地，补交出让金后补办用地手续。
对于2002年7月1日后实施建设的经营性用地，必须在依法从严处理后，按当年周边招标、拍卖、挂牌出让最高地价补交出让金后补办用地手续。
（三）关于耕地占补平衡
符合补办用地手续条件并涉及占用耕地或基本农田的，由所在市、县人民政府负责落实耕地占补平衡，按照“数量不减少、质量不降低”的原则，补交耕地开垦费，或制定补划方案并限期落实。
（四）关于土地利用总体规划的调整
本次土地专项清查处理涉及乡镇土地利用总体规划范围内农用地转用及规划调整的，依照省人民政府授权和国家规定的程序报批。属于城市规划区内和单独选址的用地，分别报省人民政府和国务院审批。
三、加强领导，明确责任，确保土地违法违规历史遗留问题妥善解决
各地、各部门要高度重视，切实加强对土地专项清查工作的组织领导。各市、县人民政府要对当地土地专项清查工作负总责，组织协调相关部门认真抓好土地历史遗留问题的处理。各级国土资源管理部门要对土地专项清查情况的真实性负责，积极做好完善用地手续的各项工作。对于在土地专项清查及历史遗留问题处理中故意漏报、瞒报、虚报等弄虚作假行为，一经发现，要严肃处理。
