（四）有关项目的逻辑关系：运费小计＝运费项目各项费用相加之和；其他费用小计＝其他项目各项费用相加之和；合计＝运费小计＋其他费用小计；扣缴税额＝合计×税率。税率按法律、法规规定的税率填开。
（五）《货运发票》应如实一次性填开，运费和其他费用要分别注明。“运输项目及金额”栏填开内容包括：货物名称、数量（重量）、单位运价、计费里程及金额等；“其他项目及金额”栏内容包括：装卸费（搬运费）、仓储费、保险费及其他项目和费用。备注栏可填写起运地、到达地和车（船）号等内容。
（六）开具《货运发票》时应在发票联左下角加盖财务印章或发票专用章或代开发票专用章；抵扣联一律不加盖印章。
（七）税控器具根据自开票纳税人和代开单位录入的有关开票信息和设定的参数，自动打印出128 位的税控码；税控码通过税控收款机管理系统可以还原成设定参数的打印信息。打印信息不完整及打印信息与还原信息不符的，为无效发票，国税机关在审核进项税额时不予抵扣。
设定参数包括：发票代码、发票号码、开票日期、承运人纳税人识别号、主管税务机关代码、收货人纳税人识别号或发货人纳税人识别号（即有“＋”号标记的一方代码）、代开单位代码（或代开税务机关代码）、运费小计、扣缴税额。其中，自开发票7个参数（不包括上述代开单位代码或代开税务机关代码、扣缴税额等两个参数），代开发票9个参数。
（八）在填开和打印时发现有误的，可即时作废，并在废票全部联次监制章部位做剪口处理，在领购新票时交主管税务机关查验。
在已填开《货运发票》且开票数据已报送主管税务机关后需要开具退票的，应在价税合计的大写金额第一字前加“负数”字，在小写金额前加 “-”号。在开具退票前，收回已开出《货运发票》的发票联和抵扣联，全部联次监制章部位做剪口处理。
三、原税控装置的处理
对于公路内河货物运输业和联运行业纳税人原使用的税控装置，主管税务机关应在2007年1月1日起要求纳税人填报《税控装置注销申请表》，并在系统中做注销处理，原税控密码器收回，统一交税控安全管理部门缴销。对于纳税人因有其他业务需要使用税控装置开具其他税控发票的，税控装置可继续使用。
四、行政许可事项审批
联运业纳税人应先取得公路内河自开票资格，然后向主管税务机关提出发票领购资格的行政许可申请，经批准后方可领购货运发票。
