36.绿洲生态系统演化机制与生态安全的研究
以绿洲为核心，研究山地-绿洲-荒漠生态系统的形成、演化与动力机制，分析绿洲生态环境的可持续性，探索绿洲生态与水资源配置的关系，建立预防生态环境恶化及绿洲生态系统管理的生态学基础。
37.新疆特有生物资源功能成分与功效机理研究
研究新疆特殊环境下生物资源的功效成分及其基因结构，提取新疆有毒植物、药用植物、药用昆虫等生物资源的有效成分，研究特殊物种的繁殖特性与生态适应性，评价特殊物种的应用价值和产业化前景。
38.新疆矿产资源的成矿理论研究
揭示重要矿藏类型大规模成矿的机理，研究中亚大规模成矿的地质环境、形成机理和大型矿床分布规律，完善中亚型造山-成矿理论体系，提供在我国西部寻找超大型紧缺矿产的科学理论与预测手段，发展我国的大陆地质科学理论。
39.新型材料及其应用机理的研究
研究纳米陶瓷材料和高补偿硅材料，并为其器件制作提供理论依据；探索提高太阳能电池转换效率和降低成本的途径，研究太阳能电池的新型材料及其应用的机理。
40.特殊环境下生物的分子生物学及其作用机理研究
研究特殊环境下生物抗逆性产生的内在关系和极端环境下耐辐射微生物筛选及其耐辐射机理。对主要抗逆性相关基因进行筛选，建立基因库。研究有效抗逆基因的克隆、分离和表达验证，构建功能明确和有应用前景的抗逆基因。利用这些抗逆基因开展生物分子标记辅助选择和聚合育种的研究，以期转化形成抗性植物；以新疆珍稀哺乳动物及特有土著经济鱼类为对象，建立体细胞库和基因组文库，进行野生动物遗传性状的生理生化分析，从分子水平揭示其可利用的遗传资源优势。
六、重大专项
在重点领域中确定一批优先主题的基础上，围绕自治区经济社会发展目标，进一步突出重点，筛选出重大战略产品、关键共性技术或重大科技工程作为重大专项，根据实施条件的成熟程度，逐项论证启动。同时根据自治区战略需求和发展形势的变化，对重大专项进行动态调整，分步实施。通过资源集成和核心技术突破，努力实现以科技发展的局部跃升带动生产力的跨越发展。
1.主要农作物、家畜家禽新品种选育
应用高新技术与常规技术相结合，培育优质、高产、专用、抗逆的动植物新品种。
--选育优质、高产、抗病虫、抗寒、耐盐碱的水稻、玉米、小麦（包括专用小麦）等粮食作物新品种5～10个；
--选育优质、高产、抗病虫害、适合机采的陆地棉、长绒棉、彩色棉新品种8～10个；选育高产、抗病、含糖量16%～18%的甜菜常规种、杂交种、遗传单粒种3～5个；
--选育超细型细毛羊、绒山羊及奶牛、肉牛、肉羊、禽类新品种5～8个。对地方畜禽良种进行提纯复壮。
2.棉花生产关键技术开发、集成与示范
围绕自治区优质商品棉基地建设，以优质高产高效栽培技术、棉田水肥高效调控利用技术、病虫害综合防治技术、全程机械化生产技术等开发为重点，加强集成创新和示范，为我区棉花生产和产业化提供科技支撑和服务。
3.奶产业技术开发与集成示范
通过奶牛群体生产性能（DHI）测定、性别控制、良种登记、全混合日粮（TMR）饲养、牧区半舍饲、疾病防治等技术的示范与推广，在天山北麓、伊犁河谷、塔额盆地、焉耆盆地等区域建立奶产业示范基地。培育科技型龙头企业，开发功能性液态奶、牛初乳制品、干酪、干酪素等新产品。
4.新疆肉用牛羊标准化生产技术体系建立
利用草原肉牛（包括新疆褐牛）、新疆巴什拜羊等地方优良种群资源，采用生物技术与常规育种技术相结合，建立育种及快速扩繁体系、科学饲养技术体系、肉制品加工与产业化生产体系。
5.环塔里木盆地特色林果业关键技术开发与示范
研究制定环塔里木盆地主要特色林果科学种植区划、基地建设规划和品种区域化布局。以品种引进、筛选、苗木繁育和灌溉施肥、营养调控、病虫害防治技术开发为重点，建立适应环塔里木盆地不同生态区、不同类型林果优质高效可持续生产技术体系、绿色果品生产技术体系和规模化、集约化发展的林果业科技示范基地。
6.膜下滴灌节水技术与新产品开发
开发田间膜下滴灌新技术、膜下滴灌农田盐分控制技术、果园微灌技术、闸管交替灌溉技术、农艺节水配套技术，开发价格更低、性能更好、规格齐全、具有自主知识产权的一次性滴灌带、过滤器、压力调节器和电磁阀等新产品。制定膜下滴灌条件下的作物栽培模式和技术规范，建立膜下滴灌试验示范区。
7.荒漠生态环境治理和生态产业发展的技术开发与示范
以生态脆弱地区为重点，开展盐渍化治理、污染土壤修复等荒漠化防治、生态恢复的技术开发；开展流域整治技术示范。开发集成生态产业建设关键技术，建立生态改善和环境保护可持续发展的模式，促进生态林果业、草畜业、药业、旅游业等荒漠生态产业的形成和发展。
8.干旱区生物种质资源库建设
收集整理新疆乃至亚洲中部干旱区的特有植物种质资源，建立具有地域特色的中亚植物活体汇集圃、资源库。对汇集的种质资源从野外生态学、迁地保护生物学、回归引种生物学、抗逆性基因标记等方面开展基础与技术创新研究。建立中亚特殊生物资源保护与利用研究平台，开发中亚特殊生物资源潜在的经济价值。
9.石油天然气化工下游新产品开发
开发用尿素法合成二苯甲烷、二异氰酸酯（MDI）清洁生产工艺，实现MDI的规模化生产；引进消化吸收再创新铁钼法甲醛生产技术、炔醛法合成（1，4）-丁二醇技术，实现（1，4）-丁二醇的产业化；开发聚甲醛、甲乙酮、己二酸等下游产品和工艺；引进开发有机硅生产技术，开发硅橡胶、硅油、硅丙乳液等有机硅新产品。
10.煤化工清洁生产技术开发
开发与应用电石乙炔法制聚氯乙烯（PVC）清洁生产技术；引进与开发煤炭直接和间接液化制合成油技术；开发与应用煤制甲醇燃料；开发与应用清洁炼焦和资源循环利用技术；开发与应用洁净煤生产技术和煤炭清洁燃烧技术。
11.大型金属矿床、矿集区定位预测与靶区优选评价
引进和推广适合新疆自然和地质条件的地质、地球物理、地球化学、航天航空遥感勘查新技术，建立基于地理信息系统（GIS）的矿产资源勘查评价的技术系统和知识系统。对西天山莱历斯高尔-达巴特铜钼矿带、东天山土屋-白山铜钼矿带等已知矿带进行斑岩型铜金、铜钼矿成矿规律研究与靶区预测；对阿尔泰南缘阿舍勒-科克塔勒铜铅锌矿带等已知矿带进行与海相火山岩有关的富铁和块状硫化物矿成矿规律研究与靶区预测。
