中央把新疆作为西部大开发的重点，作出了在新疆加快经济发展和确保社会稳定的重大战略部署。中央指出，新疆是我国战略资源的重要储备区和对外开放的重要门户，在党和国家工作大局中具有特殊重要的战略地位。新疆根据资源环境承载能力和发展潜力，明确区域的功能定位，开拓具有特色的区域发展格局，将为我国的现代化建设做出多方面的重大贡献。
--把增强自主创新能力作为科技发展的战略基点和调整产业结构、转变增长方式的中心环节，把科技人才队伍建设作为保障，支撑新疆的优势资源转换，建设全国重要的能源与矿产资源战略接替基地、石油天然气化工基地、煤电与煤化工基地、优质商品棉基地、优质商品粮基地、特色林果基地和畜产品基地，为加强我国的可持续发展能力作出贡献。
--依托新疆西向开放的地缘优势和沿边沿桥开放的格局，拓展国内外的科技合作，扩大技术、人才和项目、资金的引进，大力提高原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新的能力，促进沿海内地企业向新疆集聚，建成国家西向开放的重要出口加工基地和国际商贸中心，形成畅通的大流量商贸通道、双向开放的陆桥经济合作走廊、产业集群型的经济增长极与增长带、特色鲜明的内陆旅游线路，促进我国沿亚欧大陆桥经济带的发展。
--加强中亚成矿域的资源研究与勘查利用技术开发，把加强同周边国家科技经济合作的着力点放在利用周边资源上，开辟我国战略资源的陆上安全通道，充分利用国内国外两种资源、两个市场，建设我国资源安全体系。
（二）新疆区域发展的要求
《新疆维吾尔自治区国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》提出，“十一五”时期，生产总值年均增长9%，人均生产总值比2000年翻一番以上，工业增加值年均增长17%，城市居民人均可支配收入年均增长8%，农民人均纯收入年均增长6.5%。自治区还明确了以下的宏伟目标：在优化结构、提高效益和降低消耗的基础上，实现到2020年全区生产总值比2000年翻两番半，力争基本实现工业化。
坚持以市场为导向的优势资源转换战略，走适合区情的新型工业化道路，加快经济结构战略性调整和转变经济增长方式，实现由农业大区、资源大区向工业强区转变，必须做大做强基础产业和制造业中的特色支柱产业。加强基础产业基础设施建设、发展先进制造业和服务业，关键在于掌握产业核心技术和关键技术，提升产业整体技术水平。要深入实施科教兴新战略和人才强区战略，深化科技体制改革，努力创造有利于科技进步的体制和环境，加快科技基础设施建设，加强高素质科技人才的培养，全面增强自主创新能力，为区域发展提供多方面的科技支持、高水平的科技供给和系列化的科技服务。
--依托丰富的水土光热资源，大力发展优质、高产、高效、生态、安全的特色农业，建设全国最大的优质商品棉生产基地和优质商品粮生产基地、优质畜产品基地和特色林果产品生产基地，需要加快农业科技创新和科技进步，优化农业生产的结构和布局，推进农业产业化经营，转变农业经济增长方式，提高农业综合生产能力；需要加快农业标准化，健全农业技术推广、农产品质量安全和动植物病虫害防控体系；需要用一流的技术和装备，高起点、高水平、大规模地发展农产品加工业，把具有竞争力的特色产品推向国内外市场。
--依托优势资源发展制造业支柱产业，加快石油-石化工业群、煤电-煤化工业群、矿产-材料工业群和特色轻工-纺织-制药工业群的成长，把新疆建成我国最大的石油天然气生产基地、西部地区重要的石油化工基地、国家重要的矿产资源勘探开发-冶炼-加工基地和高载能产业聚集区，需要大力引进和开发重大关键技术，广泛应用高技术和先进适用技术改造、提升制造业，形成一些拥有自主知识产权的知名品牌；需要建立以企业为主体、产学研相结合的技术创新体系，加强工程技术研究中心、企业技术开发中心建设。
--区域经济与社会的长足发展需要开发和应用具有重大带动作用的高新技术，大力发展信息技术、生物技术、新材料技术、新能源技术和先进制造技术，按照产业集聚、规模发展和扩大合作的要求，培育更多新的增长点。加快新型工业化进程，需要加强信息化工作，推进信息技术应用和普及，加强信息资源开发和共享；需要生物产业面向农业、环保、能源、材料、人口与健康等领域的需求，努力实现关键技术和重要产品开发的新突破。
--实现可持续发展，建设资源节约型、环境友好型社会，需要依靠科技发展循环经济，提高资源利用效率，保护资源和环境；需要做好基础设施建设重大项目的科学规划和可行性研究；需要掌握干旱区生态环境的演变规律，为生态恢复重建和环境治理提供技术手段，为荒漠生态产业（生态草畜业、生态林果业、生态药材业、生态旅游业）的发展提供技术支撑；需要在疾病防治、新药研制、城乡卫生保健、食品和药品安全、防灾减灾等社会发展领域加强研究与开发。
（三）建设创新型国家和强化实施科技兴新的要求
《中共中央国务院关于实施科技发展规划纲要、增强自主创新能力的决定》和《
国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》提出：今后15年，我国科学技术发展，必须坚持“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的方针。要把提高自主创新能力作为国家战略，贯彻到现代化建设的各个方面，贯彻到各个产业、行业和地区，大幅度提高国家竞争力。要坚持“有所为、有所不为”，集中力量在一些重点领域、关键环节取得突破。要针对经济与社会发展中的重大科学问题和技术瓶颈，加强基础性研究和关键技术开发，在能源、资源、环境、农业、信息等领域取得重要进展，培育新兴产业，促进可持续发展。
2005年6月发布的自治区中长期（2006～2020年）科技发展规划纲要指出，新疆要适应强化实施科技兴新的需要，坚持实施面向优势资源转换的科技创新战略，推进区域创新体系建设，全面提高科技创新能力；坚持优先发展面向优势资源转换的科学技术；坚持实行常规技术与高新技术相结合的产业技术发展路线；坚持技术引进和技术创新相结合，加快培育自主创新能力；加强对统筹发展的科技支持；进一步扩大科技合作与交流。
三、指导思想和主要目标
（一）指导思想
落实科学发展观，贯彻“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的方针，实施面向优势资源转换的科技创新战略，加快区域创新体系建设，着力提高原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新的能力，以科技创新与科技进步支撑产业结构调整和特色产业发展，促进新疆大开发和引导经济增长方式转变，加快社会主义新农村建设，为我区走新型工业化道路、实现经济社会全面协调可持续发展提供服务。
在“十一五”时期实施面向优势资源转换的科技创新战略，要把握以下基本点：
