2、地税部门。各市地税稽查部门负责异地协查电子信息或纸质函件的受理、转办、回复工作，并做好相关协查受理、回复等信息的台账登记工作；对属于国税发[2004]119号文件规定的第三类问题，达到立案标准的，由各级稽查部门负责立案查处。第一、二类货物运输业务发票的审核检查由各市、县（市、区）税收管理部门或货物运输税收业务管理部门负责审核、制作协查回函，并对审核检查凭证信息的内容及审核检查结果的真实性和准确性负责，稽查部门只负责传递。
（二）货物运输发票案件协查工作分工
各市国、地税稽查局负责货物运输发票案件协查工作的组织协调、检查取证以及协查回函工作，并做好案件协查受理、审核、回复等信息的台账登记工作。
1、国、地税在发起案件协查时，可以采取发函协查和异地实地调查，并由发起协查的市级稽查局出具《协查函》，《协查函》内容包括：案件的基本情况、协查意图、取证要求、回函方式以及完成时限等内容。
2、按照对等协查的原则，对采取函查方式组织协查的货物运输发票案件，先由案件查办方市级国（地）税稽查局向涉案单位所在地市级国（地）税稽查局寄出《协查函》及其相关信息资料，再由国（地）税市级稽查局转送同级地（国）税稽查局组织协查；对采取异地实地调查的货物运输发票案件，由案件查办方市级国（地）税局稽查局负责组织，涉案单位所在地国（地）税稽查局协调同级地（国）税稽查局进行调查取证。
三、严格落实文件精神和协查工作要求
各地必须严格落实总局和省局下发的关于货运发票核查和协查工作的文件精神，并认真执行以下工作要求：
1、各市稽查局应自核查或协查申请批准之日起5个工作日内发出《协查函》。收到协查回函后，应于3个工作日内将协查结果反馈给税政管理部门或案件查办单位。
2、各市稽查局在受理《协查函》后，应在3个工作日内分别转交同级税收管理部门或国、地税市级稽查局组织协查取证；对不具备协查条件的《协查函》，要在2个工作日内与协查发起单位联系解决。
3、协查取证工作原则上在15个工作日内完成。特殊情况不能按期完成的，由协查双方稽查局协商确定回函时间。
4、协查结果必须定性，并按《协查函》要求提供合法、有效、完整的协查取证资料。对已查实虚假的货运企业和虚假货运发票信息，各级地税稽查局负责协调对应的地税管理部门出具相应的纸质证明。
