新时期农田水利建设的指导思想是：全面贯彻落实科学发展观的总体要求，坚持统筹城乡发展的方略，按照建设社会主义新农村的要求，切实加大公共财政对农田水利建设的支持力度，以政府安排补助资金为引导，以受益农民自愿出资出劳为主体，以社会资金投资建设为辅助，以开展规划编制工作为依托，以加强乡村两级的组织动员工作为纽带，以加快农村水利管理体制和小型水利设施产权制度改革为动力，逐步建立起保障我省农田水利建设健康发展的长效机制。
新时期农田水利建设应遵循的基本原则是：
1坚持政府支持、民办公助的原则。各级政府要逐步增加对农田水利建设的投入，重点加大对小型农田水利建设的投入。同时，要把加大政府投入与增加农民劳动积累结合起来，充分利用农村劳动力资源丰富的优势，组织和引导农民尽可能增加劳动积累。
2坚持民主决策、群众自愿的原则。要严格区分农民自愿出资出劳与加重农民负担的政策界限，进一步完善“一事一议”筹资筹劳制度，在切实加强民主决策和民主管理的前提下，以政府加大投入为契机，通过有效的组织工作，引导农民出资出劳开展直接受益的农田水利建设。同时，要严格规范“一事一议”程序，控制筹资筹劳标准。
3坚持规划先行、注重实效的原则。要发挥规划的统筹指导作用，把规划作为乡村两级组织农民出资出劳的必要条件和国家安排补助投资的重要依据，科学有效地开展农田水利建设。
4坚持深化改革、创新体制的原则。建立以政府资金为引导的多元化投融资机制，加快农田水利管理体制和小型设施产权制度改革，形成农田水利建设管理的良性运行机制，调动广大农民投资投劳开展农田水利建设的积极性。
三、建立农田水利建设新机制的工作重点
（一）坚持规划先行，认真开展农田水利基本建设规划编制工作。
1农田水利基本建设综合规划的编制。综合规划的编制工作，采取以县为单位、自下而上的方式进行。各地要按照统筹兼顾，突出重点，分步实施，讲求实效的原则，开展农田水利基本建设综合规划的编制工作。规划编制要在县政府的统一领导下，在上级有关主管部门的指导下，由县级水行政主管部门组织编制，各有关部门全力配合。规划编制经所在设区市发展改革部门组织各有关部门审查后，由县（市、区）政府审批。各地区要结合实际，在2006年积极开展试点工作。2007年，在试点的基础上进行全面推广，力争在2007年年底以前，在全省各县（市、区）全面完成规划的编制工作。
