围绕“政企分开、政资分开、政事分开、政府和中介组织分开”和“减少行政审批”的总体要求，以转变政府职能为核心，完善政府经济调节和市场监管职能，更加注重加强政府社会管理和公共服务职能，全面增强政府驾驭市场经济的能力和构建社会主义和谐社会的能力，建立决策科学、权责对等、分工合理、执行顺畅、监督有力的行政管理体制，初步建成服务型政府。
(一)事业单位改革。
从政事分开、管办分离入手，改革事业单位管理体制，增强政府社会管理和公共服务能力。2008年前重点解决政府部门直接举办具体管理所属事业单位的体制问题，力争初步完成试点探索。2010年前初步在全市范围内实现政事分开，全面开展并完成事业单位机构的分类。
推进政事分开、管办分离改革试点。剥离行业管理部门直接管理所属事业单位的职责，集中精力履行公共服务体系建设和公共事务管理职能；探索由专门机构整合事业单位存量资源、管理公益性事业单位的制度和模式。到2008年初步完成试点探索，具体明确“管”“办”各自的职能内涵。进一步推广试点经验，到2010年，初步在全市范围内实现政事分开，政府的公共服务体系建设和公共事务管理能力明显增强；初步形成公益性事业单位的管理模式和制度。
推进事业单位分类改革。按照中央统一部署，积极稳妥地推进事业单位分类改革。着力解决事业单位功能定位不准、结构布局不合理、社会化程度比较低、内部运行机制不活等问题，逐步构建起公益目标明确、布局结构合理、投入机制完善、治理结构规范、微观运行高效、监管制度健全的事业单位管理体制和运行机制。可以选择若干条件比较成熟的区县或市政府部门，先行事业单位机构分类的探索。
(二)行业协会改革与发展。
进一步转变政府职能，减少政府对微观经济的干预，全面推进政府与行业协会分开，充分发挥行业协会提供服务、反映诉求、维护权益、规范行为等作用。到2010年基本形成行业协会发展市场化机制，初步建立政府监管、行业自律与企业内部控制三者有机结合的现代行业管理体制。
制定政策法规。2006年，研究制定促进北京市行业协会发展和改革的意见，加快政会分离步伐，促进行业协会的市场化发展。在此基础上，2010年之前，制定出台促进我市行业协会规范发展的法规规章，进一步明确我市政会分开的基本原则和要求，加快政府职能转变和行业协会的发展。
改革行业协会的双重管理体制。将行业协会的主管部门相对集中，弱化政府部门与行业协会的关系，逐步创造条件，建立适应市场经济要求的新的管理体制。以此为契机，积极培育一批新型的行业协会，以增量改革带动存量发展，逐步实现政府部门与行业协会全面分开。争取到2010年基本形成行业协会依法设立、自主运作、自筹经费、政会分开的运行机制。
充实行业协会职能，促进政府职能转变。结合行政审批制度改革，落实行业协会职能，逐步将应由行业协会承担的行业代表、行业自律、行业管理、行业协调、行业服务等职能转交、委托或授权给行业协会。
(三)投资体制改革。
全面落实《
国务院关于投资体制改革的决定》和《
北京市人民政府贯彻实施国务院关于投资体制改革决定的意见》，充分发挥市场配置资源的基础性作用，真正确立企业投资主体地位，规范政府投资行为，增强投资宏观调控能力。
把企业投资自主权落到实处。制定完善企业投资项目核准制、备案制的相关配套文件及政策措施，积极落实企业投资自主权，真正实现“谁投资、谁决策、谁受益、谁承担风险”。不断优化和规范投资项目办事程序，建立科学便捷的投资项目管理机制，加快传统投资管理办法向新型投资管理办法过渡。
加强政府投资管理。大力实施非经营性政府投资项目的代建制管理。不断规范政府投资范围和行为。合理界定两级政府投资范围。积极探索政府投资以资本金注入方式进行的投资改革试点。继续实施政府投资向郊区转移，通过政府投资带动《
北京城市总体规划(2004年-2020年)》的落实。
完善投资宏观调控体系，改善社会投资调控。加强行业规划、产业政策、信息发布、区域布局等方面的指导和引导，尤其要以行业发展规划来调控项目，确保国家相关政策执行到位和本市发展规划实施。加强对全市投资运行监测分析，引导市场实现良性发展。组织落实好我市集约用地相关标准的推广实施，尤其在产业项目上，要严格土地投资强度、土地产出效率方面的市场准入。以延伸构造产业链、促进产业集聚为目标，推行产业评价和筛选机制。
完善投资监管体系。制定出台北京市政府投资监管办法。建立健全政府投资责任追究制度、风险管理制度、后评价制度以及社会监督机制。加快各类投资服务机构与政府部门的脱钩，建立中介机构信用档案记录制度，加强对投资中介服务的监管。
