第八条 归档后的案卷，分别根据适用程序类别，按年度、案号的顺序排列，放进卷柜保管。
第九条 同一案件由于适用程序的改变或其他原因形成几个案号的案卷，应合并保管。并卷原则是，简易程序卷并入一般程序卷，一般程序卷并入听证程序卷。案卷合并时，要在案卷封皮和案卷登记簿上注明移出、移入和相关的案号。
第十条 行政处罚档案的保管期限分为长期、短期两种。凡属在相当长的时期内需要查考使用的档案，划为长期保管，保管时间为10年。凡属在相对较短的时期内需要查考利用的档案，划为短期保管，保管时间为5年。
第十一条 药品监督行政处罚案卷保管期限，原则上简易程序案件保管期限为短期，一般程序、听证程序案件保管期限为长期。对有从业时间限制的处罚案卷列入长期保管。
第十二条 档案的保管期限，从每个案件结案后的下一年起算。
第十三条 对保管期限届满的档案，应由鉴定小组，逐案进行鉴定。对仍有继续保存价值的案卷，可以采取短期改为长期或适当延期的办法延长其保管期限。
第十四条 经鉴定确定销毁的档案，销毁前要把其中的处罚决定书取出一份，按年度整理立卷，随有关年度编号，划为永久保管。
第十五条 对决定销毁的档案由档案管理人员编造销毁清册，经本机关负责人审查批准，报上级机关备案后，由档案人员和指定的监销人共同销毁，并在销毁清册上签字。销毁报告和销毁清册立卷存档。
三、档案的调借和查阅
第十六条 本机关案件承办人因办案需要，可以调借本单位归档的档案。非案件承办人员因工作需要调阅归档档案，要履行批准手续。
第十七条 人民法院调借案件档案，应出具正式调卷函件，经主管领导批准后办理借出手续，并规定调借期限。其他外单位调借时原则上一律不借出，因特殊情况必须借出的，应经单位领导批准。借出时，要点交清楚，取得正式收据并限期归还。调借的档案，不得转借其他单位或其他人员使用。
