完善环境保护工作机制。建立健全环境保护工作委员会制度。2006年底前，省、市、县三级都要建立由政府主要领导担任主任，分管领导担任副主任，党政有关部门为成员单位的环境保护工作委员会，办公室设在环保部门。各级环境保护工作委员会要定期听取工作汇报，分析环境形势，检查环保规划落实情况，研究并制定加强环境保护的政策措施，协调解决环保工作遇到的突出问题，确保环境保护目标任务的完成。建立环保工作定期报告制度，各级政府每年要向同级党委汇报、向人大报告、向政协通报一次环保工作。
（二）严把环境准入关，强化环境影响评价制度。各级政府对影响环境的重大决策必须实行环境论证，积极探索重大政策的环境影响评价。按照
环境影响评价法等有关法律、法规规定，开展规划的环境影响评价编制和审查工作，全面推进规划环境影响评价。各类开发区管理机构要负责组织开发区区域的环境影响评价报批和环境基础设施建设。《
山东省实施〈中华人民共和国环境影响评价法〉办法》实施前已开工建设或者已建成，但未组织进行环境影响评价的各类经济开发区要在2008年3月1日之前，完成区域环境影响评价，否则不予审批该区域建设项目的环境影响评价文件。
严格执行建设项目环境影响评价制度。各级环保部门要严把环境准入第一关，对主要污染物排放量超过总量控制指标、污染严重且环境质量长期得不到改善的地区，生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，暂停审批新增污染物排放总量和对生态有较大影响的建设项目；对未经环保部门审批的建设项目，投资主管部门不得审批立项，国土资源部门不得批准用地，银行不予贷款。凡是未经环境影响评价擅自开工建设的项目，必须依法责令停止建设，严肃追究有关责任人的责任。
（三）科学配置总量，实施最严格的总量控制制度。依据环境容量、经济社会发展水平、产业结构及排污状况等综合因素，科学确定总量控制指标。将指标层层分解，落实到各地区、各部门，落实到重点流域和重点单位，合理分配总量。按照“管住排放总量、严控废物增量、扩大环境容量、用好资源存量”的基本原则，把总量落实到经济社会发展规划和重点行业结构调整中，制定禁止类、限制类、鼓励类产业发展名录和重点行业污染物排放引导性标准，制定和实施新一轮淘汰落后生产能力的行动计划，腾出总量；落实到重点流域区域海域的环境规划和污染治理中，实施重点环保工程，减排总量；落实到城市规划和建设中，加强城市环境综合整治，降低总量；落实到建设项目中，严格环境影响评价和“三同时”制度，消化总量；落实到重点企业的发展中，推行清洁生产，削减总量；落实到环保经济政策和措施中，依法征收排污费，严控总量。
实施总量控制定期考核和公布制度。加快实施排污许可证制度，禁止无证或超总量排污，严格控制产业结构不合理、生产能力过剩、污染严重的部分行业的企业排污许可证发放。落实环境污染限期治理制度，对不能稳定达标或超总量排放的单位实行限期治理，治理期间应予限产、限排，并不得建设增加污染物排放总量的项目；逾期未完成治理任务的，责令其停产整治。
（四）推进法制建设，加大环境执法监管力度。进一步加强地方环境立法，按照山东省环境保护立法“十一五”规划要求，制定更为严格、更具有操作性的地方性法规和政府规章。创新环境标准管理机制，建立和完善具有山东特色的地方环境标准体系。各级政府要建立权责明确、行为规范、监督有力、运转高效的环境执法监督管理制度。继续推行行政执法责任制和行政执法规范化建设。加强与纪检、监察等部门配合，完善联合执法机制和环境执法监察制度，加大对违法行为的查处力度；严格执行国家标准以及《山东省南水北调沿线水污染物综合排放标准》等9项地方性污染物排放标准，对严重污染单位要实行挂牌督办，责令限期治理和停产整治。坚决关闭逾期未完成限期治理任务和屡查屡犯、恶意排污的企业（生产线）。建立环境犯罪案件移送制度，有关部门要配合司法机关办理各类环境犯罪案件。
（五）依靠科技进步，大力发展环保产业。加快高新技术在环境保护中的应用，增强环境监管的科技支撑能力，提高环境科技自主创新能力。改善基础研究条件，建成一批重点实验室。加强环境科研队伍建设，加快培养一批技术水平高、实践能力强的环保专业技术人才。加强环境安全、生态补偿机制、自然资源保护、环境容量与生态承载力、污染对人体健康影响等方面研究，鼓励对水体、大气、土壤、固废、噪声、农业面源等污染防治以及生态保护、资源循环利用、饮水安全、核安全等领域的研究，组织对污水深度处理、燃煤电厂脱硫脱硝、洁净煤、汽车尾气净化等重点难点技术的攻关。争取在环境战略、环境标准、环境应用科技等方面有所突破。
