优先主题40：先进医疗器械、医用材料和保健食品
开发数字化医疗设备、小型诊疗和移动式医疗设备，病损组织、器官的治疗、修复或替换的生物医用材料，加强药食同源和功能保健食品研究。
二、重大专项
（一）巢湖、淮河水污染综合治理专项
结合重大工程的实施，加强巢湖、淮河流域水污染综合治理。开展巢湖水源地安全保障与工程示范、南淝河口污染治理和河口自然湿地修复，研究工业污染进入湖泊河流的治理与生态修复、城市黑臭河流综合治理和湖泊二级水源保护区生态净化等技术，为巢湖富营养化治理与湖泊集中式水源地安全供水提供技术支持。加强淮河流域农村非点源污染控制，造纸、化工、制革等工业污水治理，沿淮城市污水深度处理、回用，突发环境污染事件应急处理，淮河重点河段生态环境演变趋势和“两淮”矿区塌陷区水环境生态系统功能等方面的研究。
（二）新药创制专项
针对老年性疾病、心血管病、艾滋病、肿瘤等重大疾病和血吸虫等地方病，开发新型化学药物和药用敷料，研究药物高效合成与分离制备和靶向、透皮、控释等新型给药系统。加强现代中药提取、分离、纯化、中药材优良品种选育，利用我省道地药材及古方、新安医学名方、名老中医验方，开发中药新品种、新剂型。开发人源（化）单抗与蛋白/多肽药物，重大疾病生物检验检测试剂和生物疫苗，建立生物医药专业孵化器。到2010年，完成15-20个新药开发，5-10个新药实现产业化，培育一批具有竞争力的医药企业。
第四章 构建区域创新体系，提高自主创新能力
以合肥国家科技创新型试点市为重点，以建立企业为主体、产学研结合的技术创新体系为突破口，建设特色鲜明的知识创新体系和社会化的科技中介服务体系。加强创新平台和人才队伍建设，集聚和整合科技资源，提高自主创新能力。第一节实施区域创新示范工程
任务：建设合肥国家科技创新型试点市，加快沿江和沿淮城市群的技术创新，开展县、乡（镇）和特色园区科技创新试点，以点带面，梯次推进。
目标：建设具有区域特色的创新体系，促进区域科技协调发展，为建设创新型安徽提供支撑。
一、建设合肥国家科技创新型试点市
充分发挥合肥的科技资源优势，以市场为导向，以创新为灵魂，以企业为主体，以产业化为目的，提升城市科技创新能力和综合竞争力，促进结构调整和经济增长方式转变，在全省发挥示范带动作用。一是提高企业自主创新能力，到2010年，培育150家左右创新型企业，形成一批拥有自主知识产权和较强竞争力的大企业和名牌产品。二是改造提升汽车、工程机械、家电、化工等支柱产业，大力发展电子信息、生物医药、光机电一体化、新材料等高新技术产业，加快高新区“二次创业”，高标准建设创新示范区。三是建立一批公共创新平台，支持在肥的国家（重点）实验室和大科学工程建设，增强原始创新和集成创新能力。四是加快各类人才的引进和培养，构筑高层次创新人才高地。到2010年，合肥市全社会研究开发投入占生产总值的比重达到3％以上，高新技术产业增加值占全市工业增加值60％左右，成为全国最具科技创新活力的区域之一和高新技术产业化基地。到2020年，率先建成国家科技创新型城市，成为国际重要、国内一流的技术创新中心、知识创新中心和高层次人才聚集中心。
二、加快沿江和沿淮城市群的技术创新
马鞍山、芜湖、铜陵、安庆等沿江地区重点发展汽车、高性能金属材料、石油化工、电子信息材料、新型建材等先进加工制造业和高新技术产业，打造沿江高新技术产业带，率先与长三角进行对接。蚌埠、淮南、淮北等沿淮地区重点依托煤炭、农副产品等优势资源，加强能源、煤化工、生物化工、医药等支柱产业的技术创新。鼓励和支持全省其他城市在科技基础条件平台、产业分工、联合攻关等方面加强协作、资源共享。
三、开展县、乡（镇）科技创新试点
实施“科技富民强县行动计划”，在全省选择20个县、100个乡（镇）开展科技创新专项试点，以发展壮大县域经济为目标，培育特色产业，形成块状经济。建立健全农村科技服务体系，发挥农业科技示范园区、专家大院、“星火学校”和科技特派员等作用，加强先进成熟技术的示范推广。在水稻、小麦等主产区开展粮食丰产优质技术攻关、集成与示范。整合现有安徽农网、科技信息网、农业科技“110”等资源，建立农村信息化服务平台，推动科技成果进村入户。
四、加快高新技术产业开发区和特色产业基地建设
以营造创新创业环境，增强自主创新能力为核心，加快高新区 “二次创业”。“十一五”期间适当增加省级高新区的数量，支持有条件的省级高新区升级为国家级高新区，对现有园区和特色产业基地进一步加强规划、适度扩容、完善服务、优化布局，建立和完善支撑产业发展的研发体系、投融资体系、产业配套体系、人才支撑体系和科技服务体系。争取到2010年，全省高新区营业总收入达到2000亿元以上，2-3家特色产业基地营业总收入超100亿元。第二节实施技术创新引导工程
