（一）办公室（同时挂“外事办公室”牌子）
协调机关日常工作，组织重要会议，负责机要、保密、文印、档案和秘书事务，组织制定进出口商品检验国际合作的方针和规章，调查和掌握有关国际组织和机构的情况，研究国际贸易中有关技术壁垒的协调措施，归口管理外事工作。
（二）政策法规司
研究进出口商品检验工作的方针、政策和发展战略、规划，制定和组织实施进出口商品检验体制改革方案，起草重要文件和报告，负责业务综合工作，制定进出口商品检验法制建设规划、计划，负责进出口商品检验法律、法规的起草和规章发布工作，指导行政执法、复议和行政诉讼工作，归口管理进出口商品检验宣传工作。
（三）监管认证司
制定进出口商品质量和检验工作的监督管理与认证的规章、制定，管理驻厂质量检验监督员，负责认可进出口商品检验员、出口商品质量许可和卫生注册登记工作，管理和组织考核、审查国内外进出口商品检验机构的认证工作，管理进出口商品质量认证和标志工作；管理并组织实施进口商品安全质量许可制度工作，会同有关部门组织指导出口商品生产企业质量体系的建立、评审及认证工作，组织参加国际间的认证工作，制定进出口商品检验、鉴定机构管理办法，负责各类进出口商品检验、鉴定机构的审核与监督工作。
（四）检验科技司
制定进出口商品检验的规章、制度，依法组织实施进出口商品检验、免验、监督抽查、复验及出口食品卫生检验、出口动物产品检疫工作，调查处理重大检验问题，协调各地进出口商品检验机构检验事宜，研究进出口商品检验科技工作的方针、政策，制定进出口商品检验科技发展规划、计划，组织制订进出口商品检验方法行业标准，组织重大科研项目的攻关，负责进出口商品检验科技进步和局科学技术委员会的日常工作。
（五）检务鉴定司
制定检务管理和对外贸易鉴定业务的规章、制度，制定进出口商品检验证书签证管理办法和《
商检机构实施检验的进出口商品种类表》，管理普惠制原产地证和一般原产地证签证工作，统一管理进出口商品鉴定工作和一般包装、危险品包装检验工作，归口管理外商投资财产鉴定，协调口岸进出口商品检验业务工作。
（六）人事教育司
负责进出口商品检验系统的机构编制、劳动工资、人事管理和奖惩等工作，制定进出口商品检验系统人事管理办法，负责进出口商品检验系统的教育培训工作。
（七）计划财务司
