第六条 中央“工程”专项资金的用途是：(1)项目学校主要建筑的建设、改造，优先保证教学用房、学生生活服务用房和教学辅助用房。（2）在优先保证课桌凳、学生用床及学生基本生活设施配置的前提下，可配置适量的图书及教学仪器设备。中央专项资金应相对集中使用，原则上每个项目学校只安排一种来源的资金，不得同时安排财政资金和国债资金。
第七条 省及省以下各级人民政府投入的“工程”专项资金，主要用于解决项目学校新建（改扩建）用地、厕所、运动场所、围墙、勤工俭学场地等配套设施建设。
第八条 为确保“工程”土建项目顺利实施，“工程”项目学校土建资金支出应不低于总投资的90％；土建资金中中央专项资金所占比例不低于90％。
第九条 “工程”专项资金的使用应优先保证解决新增中小学生最基本的学习、生活条件，其次解决现有条件较差的寄宿制学校和不具备寄宿条件而有必要实行寄宿制的学校办学条件的改善；应先配备办学基本设施，其次配备辅助设施。
第十条 “工程”专项资金要与“国家贫困地区义务教育工程”、“农村中小学危房改造工程”和世界银行货款“西部地区基础教育发展项目”资金相互街接，统筹安排，避免重复投资。确需对已有上述项目学校安排本“工程”资金的，要从严把握建设内容，并重点用于寄宿学生生活用房的建设和改造。
第十一条 “工程”专项资金必须全部纳入财政国库管理，分账核算，集中支付，封闭运行。“工程”资金不能顶替地方各级人民政府对当地教育应有的投入，更不得用于偿还过去拖欠的工程款和其他债务。
“工程”专项资金集中在县（市、区）级管理，不得下拨至乡镇及项目学校．县级主管部门应区别不同项目学校工程进度，及时拨付工程款给承建单位。
中央“工程”专项资金中的国债资金实行专账核算管理后，仍然要严格执行财政部《关于加强国债专项资金财政管理与监督通知》（财基字［1998］619号）、《关于国债专项资金拨款管理的通知》（财基字［1999］457号）等有关文件的规定。
第十二条 “工程”土建项目应按照基本建设程序进行管理，实行工程预决算制度，严格控制工程建设成本，提高投资效益；非土建项目应按照相应的办法，由省级“工程”项目管理机构组织统一采购。
