另外，在经济欠发达的内蒙、江西、四川等地区，税务机关为完成税收计划，征收“过头税”10.02亿元。如四川省德阳市什邡市地税局2002年根据上级税务机关和当地市政府必须完成所得税任务的要求，多征德阳蓝剑包装股份有限公司企业所得税1549万元，是该企业应缴税款的7.63倍。
　　审计调查还发现，国税、地税部门由于受各自税收计划的影响，对同一纳税人分别存在少征和多征两方面的问题。如河北省新乐地税局在石家庄新乐国人啤酒有限公司2003年9月末欠缴“两税”(应由国税局征收)1.33亿元的情况下，多征城建税和所得税1859万元。湖北省红安县地税局在红安卷烟厂2002年12月底欠缴“两税”2.23亿元的情况下，多征城建税4522万元。
　　(二)企业会计核算和纳税申报不实，导致税收严重流失。
　　2002年至2003年9月，788户企业中有100户(占12.69%)存在核算、申报不实以及骗取税收优惠等问题，由此少缴税款14.25亿元。主要表现：一是企业违规核算，少申报和缴纳税款。如2002年中国石油天然气股份有限公司大庆石化分公司采取少计收入、多列成本的手法，少计增值税、所得税等税款1471.52万元。南京市玄武区城镇建设综合开发有限公司等4户企业，截至2003年9月未及时结转已完工项目利润，少缴纳企业所得税4500.97万元。审计调查发现，部分由地方政府出资兴办的企业，少申报和缴纳税款情况更为严重。如江苏省国信资产管理集团有限公司是代表江苏省政府行使国有资产出资人职能的企业，其所属国际信托公司、投资管理公司2002年少申报各项税收9520.44万元。江苏交通产业集团有限公司是江苏省政府用预算外交通资金投资成立的企业，自1998年成立以来，一直未办理所得税纳税申报，少申报所得税19850万元。二是有的企业利用优惠政策少缴税款。如海南汽车制造有限公司和一汽海南汽车有限公司2002年申请减免税时，上报的岛内岛外销售比例与实际不符，多享受“地产地销”增值税减免14081.55万元。
　　(三)地方政府干预税收政策执行情况仍然存在。
　　在调查的35个市(地)中有19个市(地)存在地方政府干预税收政策执行以及越权减免税问题。调查的788户企业中有46户(占5.83%)享受地方政府越权批准的各类减免税政策。如2002年至2003年9月，陕西省财政厅、地税局、国税局等五家单位经省政府批准，对陕西金秀交通有限公司取得的公路运营收入，由税法规定的5%税率改按3%的税率征收营业税及附加，致使该公司少缴税款277万元。2002年，杭州市萧山地税局依据地方政府政策，将国家对新办劳动就业服务企业的所得税优惠政策扩大到21户非劳动就业服务企业，减免所得税1714.35万元。

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