1.粮食主产区或重点商品粮基地的农户优先。
2.有一定筹资筹劳能力、管理能力较强、已在民政部门或工商部门注册登记的农民合作组织优先。
3.通过“一事一议”或民主议事形式选定的项目优先。
第十条 财政部、水利部对各省上报的项目申请报告及《财政农业专项资金管理标准文本》的合规性进行审查，批复下达年度项目补助资金。
第三章 资金使用与管理
第十一条 中央财政补助资金不超过中央试点项目总投资的15％。具体项目的补助标准由各省（自治区、直辖市、计划单列市）财政、水利部门自行确定。
第十二条 中央补助资金由财政部下达省级财政部门，并抄送省级水利部门。省级财政部门按照规定的预算级次和程序下达资金，并抄送同级水利部门。
第十三条 中央补助资金原则上与各地安排的补助资金一并直接补助到实施项目的农户、用水者协会等专业合作组织和村组集体，具体形式视当地实际情况而定。水泥、砖、钢材等大宗建材和机电设备，原则上集中采购，实行报账制；有条件的也可进行现金补助。
第十四条 各级财政、水利部门要加强监督检查，资金的使用情况要向受益区农民张榜公布，接受群众监督，严禁截留、挤占和挪用，确保资金发挥效益。
第四章 项目实施与管护
第十五条 实行项目法人或业主负责制，项目申请的农户或者用水者协会等专业合作组织和村组集体为项目法人或业主，对项目的申请、建设和建成后项目的管护承担责任。
第十六条 地方各级水利部门会同财政部门负责项目规划、设计、管理和建设、技术指导，督促落实工程建成后经营和管护；财政部门会同水利部门负责专项资金的管理和监督。
第十七条 县级水利部门为项目组织协调单位。县级财政、水利部门对所完成的工程进行验收。省级财政、水利部门采取随机抽样的办法进行抽查复验。
第十八条 小型农田水利工程设施要明确所有权，落实管护责任。单户工程产权明确归农户所有；联户工程可建立用水合作组织，产权归其所有并进行管护。
