中央补助资金可用于中央试点项目的论证审查、规划编制、工程设计、技术咨询和信息服务支出。但最高比例不超过中央补助资金总额的3％，并不得用于人员补贴、购置交通工具和办公设备等支出。
第四条 各地要积极推动小型农田水利工程设施管理体制改革，探索建立长效运行机制，确保工程长期发挥效益。
第五条 财政部、水利部共同组织和指导小型农田水利工程设施建设试点工作。
第二章 项目申报和审批
第六条 申请中央补助资金的对象包括：
1.农户（包括联户）。
2.用水者协会或其他农民专业合作组织。
用水者协会或其他农民专业合作组织应有组织章程、基本情况，水利项目投资计划、出资（含投劳折资）协议书及出资方签名、项目建成后用水分配和水利设施管护方案等。
3.村组集体或者若干行政村。
第七条 申请人向县级财政、水利部门申请项目时，应报送的文件材料包括：
1.农户的基本情况或用水者协会（或其他专业合作组织）的基本资料；
2.项目建设方案和建成后实行承包、租赁、股份合作等经营管护方案，用水分配方案，用水合作组织组建方案及村民有关决议材料；
3.《财政农业专项资金管理标准文本》。
第八条 县级水利部门会同财政部门依据相关工程规划，在尊重申请者意见的基础上，对农户、用水者协会等专业合作组织和村组集体的项目申请按以下原则进行审查，填写《财政农业专项资金管理标准文本》，逐级联合上报至省级财政部门、水利部门。
1.因地制宜的原则。根据当地水资源条件、生产实际需要和投资可能，合理确定工程建设布局、规模和形式，杜绝重复投资和形象工程。
2.农户自愿的原则。充分尊重农民的意愿，调动农民参与建设和管理的积极性，项目建设的投工投劳方案要经受益区农民民主议事、民主决策通过。
3.整体推进的原则。兴建和改造小型农田水利工程设施要坚持水源、骨干工程和田间工程配套建设，水利措施要与农业措施相结合，确保工程建成后，充分发挥效益。
第九条 省级财政、水利部门对项目《财政农业专项资金管理标准文本》按照下列条件进行审查，排列项目次序，编制省级年度项目申请计划，联合上报财政部和水利部。
