三十五、增加一条，作为第七十二条：“国家科学技术奖励实行评审信誉制度。科学技术部对参加评审活动的专家学者建立信誉档案，信誉记录作为提出评审委员会委员和评审组委员人选的重要依据。”
三十六、第六十三条改为第七十三条，并将第二款修改为：“任何单位或者个人对国家科学技术奖候选人、候选单位及其项目持有异议的，应当在通过形式审查的项目公布之日起60日内向奖励办公室提出；逾期且无正当理由的，不予受理。”
三十七、增加一条，作为第七十六条：“为维护异议者的合法权益，奖励办公室、推荐单位及其工作人员和推荐人，以及其他参与异议调查、处理的有关人员应当对异议者的身份予以保密；确实需要公开的，应当事前征求异议者的意见。”
三十八、第六十七条改为第七十八条，修改为：“实质性异议由奖励办公室负责协调，由有关推荐单位或者推荐人协助。推荐单位或者推荐人接到异议通知后，应当在规定的时间内核实异议材料，并将调查、核实情况报送奖励办公室审核。必要时，奖励办公室可以组织评审委员和专家进行调查，提出处理意见。
非实质性异议由推荐单位或者推荐人负责协调，提出初步处理意见报送奖励办公室审核。涉及跨部门的异议处理，由奖励办公室负责协调，相关推荐单位或者推荐人协助，其处理程序参照前款规定办理。
推荐单位或者推荐人未提出调查、核实报告和协调处理意见的，不提交评审。
涉及国防、国家安全项目的异议，由有关部门处理，并将处理结果报奖励办公室。”
三十九、增加一条，作为第七十九条：“异议处理过程中，涉及异议的任何一方应当积极配合，不得推诿和延误。候选人、候选单位在规定时间内未按要求提供相关证明材料的，视为承认异议内容；提出异议的单位、个人在规定时间内未按要求提供相关证明材料的，视为放弃异议。”
四十、第六十八条改为第八十条，并增加一款作为第二款：“奖励办公室应当及时向科学技术奖励监督委员会报告异议处理情况。”
四十一、第六十九条改为第八十一条，修改为：“异议自异议受理截止之日起60日内处理完毕的，可以提交本年度评审；自异议受理截止之日起一年内处理完毕的，可以提交下一年度评审；自异议受理截止之日起一年后处理完毕的，可以重新推荐。”
