十二、第三十六条增加一项“对国家科学技术奖的推荐、评审和异议处理工作进行监督”，作为第（三）项。
十三、第三十九条第一款修改为：“国家科学技术奖各评审委员会分别设主任委员1人、副主任委员2至4人、秘书长1人、委员若干人。委员人选由科学技术部向国家科学技术奖励委员会提出建议。秘书长由奖励办公室主任担任。”
第二款修改为：“国家科学技术奖评审委员会委员实行聘任制，每届任期3年，连续任期不得超过两届。”
十四、第四十条增加“并将评审结果向评审委员会报告”，并将本条修改为“国家技术发明奖、国家科学技术进步奖评审委员会内设专用项目小组，负责国防、国家安全等保密项目的评审，并将评审结果向评审委员会报告。”
十五、第四十一条修改为：“根据评审工作需要，国家科学技术奖各评审委员会可以设立若干评审组，对相关国家科学技术奖的候选人及项目进行初评，初评结果报相应的国家科学技术奖评审委员会。”
十六、第四十二条修改为：“各评审组设组长1人、副组长1至3人、委员若干人，组长一般由相应国家科学技术奖评审委员会的委员担任。评审组委员实行资格聘任制，其资格由科学技术部认定。
各评审组的委员组成，由奖励办公室根据当年国家科学技术奖推荐的具体情况，从有资格的人选中提出，经评审委员会秘书长审核，报相应评审委员会主任委员批准。评审组委员每年要进行一定比例的轮换。”
十七、增加一条，作为第四十四条：“国家科学技术奖各评审委员会的委员因故不能出席会议，可能影响评审工作正常进行时，可以由相关评审组的委员代替，并享有与其他委员同等的权利。具体人选由评审委员会秘书长提名，经相应评审委员会主任委员批准。”
十八、第四十四条改为第四十五条，修改为：“国家科学技术奖评审委员会及其评审组的委员和相关的工作人员应当对候选人和候选单位所完成项目的技术内容及评审情况严格保守秘密。”
十九、第四十八条改为第四十九条，其中第二款修改为“国家最高科学技术奖获奖人每人每年度可推荐1名（项）所熟悉专业的国家科学技术奖。中国科学院院士、中国工程院院士每年度可3人以上共同推荐1名（项）所熟悉专业的国家科学技术奖”；并增加一款作为第四十九条第三款：“推荐单位推荐国家自然科学奖、国家技术发明奖和国家科学技术进步奖特等奖的，应当在推荐前征得5名以上熟悉该项目的院士的同意。”
