第三阶段：检查和总结阶段（2009年1月—5月），按五年规划确定的目标、任务和要求，由各级环保部门负责在各自管辖范围内组织开展检查和总结工作，找出存在的问题，制定第二个五年实施规划。
（三）建立健全有关配套制度和措施，为《纲要》的全面贯彻实施提供制度保障。
健全的制度是依法行政工作落到实处的保障。地方各级环保部门要根据《纲要》的要求，重点建立健全以下配套制度：
建立环境立法的专家咨询论证制度。按照实现决策科学化和民主化的要求，建立提出环境保护地方性法规和地方政府规章草案、制定环境保护规范性文件的专家咨询论证制度，实行立法工作者、实际工作者和专家学者三结合，从制度上保证听取法律专家和第一线环境管理人员的意见。
强化环境立法的公众参与制度。采取听证会、论证会等形式听取公众意见，必要时在本局（厅）网站和有关环境报刊上公布环境立法草案，广泛征求社会各界意见，增强环境立法项目、立法过程的公开性和透明度。积极探索建立对听取和采纳意见情况的说明制度，使环境立法更加充分体现最大多数人民群众的最大意愿。
建立环境保护法规、规章和其他规范性文件的定期评估和定期清理制度。环境保护法规、规章和其他规范性文件及其确立的重大环境管理制度实施之后，要实行实施效果的定期评估和规范性文件的定期清理制度，并根据实施情况及时按法定程序予以修改或者废止。
健全科学民主的环境决策机制。建立健全公众参与、专家论证和环保部门依法决定相结合的环境行政决策机制，并按照修改后的《国务院工作规则》的规定，修订本单位的工作规则，完善环保部门的内部决策规则和行政决策程序，提高决策水平。除依法应当保密的外，通过媒体对外公开环境保护决策的事项、依据和结果。
健全环境决策责任追究制度。按照“谁决策、谁负责”的原则，建立健全环境决策责任追究制度，并加强对环境行政决策活动的监督，完善监督制度和机制，明确监督主体、监督内容、监督对象、监督程序和监督方式。对违法和不当进行环境行政决策活动的，要依法追究责任人的法律责任，实现有权必有责、用权受监督、违法受追究、侵权须赔偿的法治要求。
建立健全环境保护行政许可听证制度。2004年6月23日，总局发布了《
环境保护行政许可听证暂行办法》（总局令第22号），规定了环境保护行政许可听证的具体范围和有关程序，以及听证参加人享有的权利和承担的义务，并规范了《环境保护行政许可听证告知书》等有关法律文书格式。地方各级环保部门要严格按照《
行政许可法》要求，遵守《
环境保护行政许可听证暂行办法》规定的程序，保障公民、法人和其他组织知情权、陈述权和申辩权。
