在相邻交界水域作业的渔业捕捞许可证，由交界水域有关的县级以上地方人民政府渔业行政主管部门协商发放，或由其共同的上级渔业行政主管部门审批发放。
第二十一条 除本规定第十九条和第二十条规定的情况外，其他作业的渔业捕捞许可证由县级以上地方人民政府渔业行政主管部门审批发放，具体办法由省、自治区、直辖市人民政府规定，送农业部备案。
第二十二条 作业场所的核定权限如下：
（一）农业部：A类、B类、C类、D类渔区和内陆水域。
（二）农业部各海区渔政渔港监督管理局：本海区范围内的C类渔区，农业部授权的B类渔区。
（三）省级渔业行政主管部门：在海洋为本省、自治区、直辖市范围内的A类渔区，农业部授权的C类渔区。在内陆水域为本省、自治区、直辖市行政管辖水域。特殊情况需要地（市）级、县级渔业行政主管部门核定作业场所的，由省级渔业行政主管部门规定并授权。
第二十三条 从事钓具、灯光围网作业渔船的子船与其主船（母船）使用同一本渔业捕捞许可证，主船与子船功率同时纳入船网工具控制指标。
第二十四条 申请渔业捕捞许可证，应当提供下列资料：
（一）渔业捕捞许可证申请书（附件3）；
（二）企业法人营业执照或个人户籍证明复印件；
（三）渔业船舶检验证书原件和复印件；
（四）渔业船舶登记（国籍）证书原件和复印件；
（五）渔具和捕捞方法符合国家规定标准的说明资料；
申请海洋渔业捕捞许可证，除提供第一款规定的资料外，还需提供：
（一）首次申请和除作业方式变更外重新申请的，提供渔业船网工具指标批准书原件；
（二）重新申请和换发捕捞许可证的，提供原渔业捕捞许可证原件和复印件；
（三）海洋大型、中型渔船再次申请渔业捕捞许可证的，提供渔捞日志。
申请公海渔业捕捞许可证，除提供第一款规定的资料外，还需提供：
（一）农业部远洋渔业项目批准文件；
（二）除专业远洋渔船外，提供海洋渔业捕捞许可证；
（三）首次申请的，提供渔业船网工具指标批准书。
申请专项（特许）渔业捕捞许可证，除提供第一款规定的资料外，还需提供：
（一）海洋渔业捕捞许可证或内陆渔业捕捞许可证原件和复印件；
（二）承担教学、科研等项目单位申请的，提供项目计划、调查区域及上船科研人员名单；
（三）租用渔船进行科研、资源调查活动的，提供租用使用协议。
