2003年中央财政总收入比预算超收543.34亿元（已扣除预算执行中新增出口退税838.59亿元），按照
全国人大常委会《关于加强中央预算审查监督的决定》的有关要求，并考虑社会经济发展的实际需要，车辆购置税超收的78.16亿元按规定列收列支、专款专用；按体制规定增加对地方税收返还、一般性转移支付、民族地区转移支付92.2亿元；其余372.98亿元，主要用于当年抗灾救灾、教育卫生科技事业发展、支持企业改革、加强社会保障及生态环境建设等。中央财政预计超收收入安排情况已由国务院向全国人大常委会报告。
各项重点支出得到较好保障。2003年，中央财政在严格控制一般性支出的同时，积极优化支出结构，确保重点支出需要。一是支持解决“三农”问题，促进农业和农村社会经济的稳定发展。2003年，中央财政安排农业科技进步、农产品质量安全体系建设、农业综合开发、扶贫开发等投入440亿元，完成预算的109.8%，主要是执行中增加了生态建设支出、救灾支出。支持农村税费改革，试点范围由20个省份扩大到全国，中央财政安排专项转移支付资金305亿元。支持各地抗灾救灾和灾后重建，中央财政共安排资金118亿元，有1.67亿人次受灾群众得到了及时救助。同时，还增加了用于农村“六小工程”项目建设、生态环境和水利基础设施建设等方面的投入。二是支持加强就业和社会保障工作，改善人民群众生活。在扩大再就业财税优惠政策的实施范围、延长优惠期限，对下岗失业人员再就业免征17项行政事业性收费的基础上，中央财政又设立并安排再就业专项转移支付资金47亿元，促进了就业和再就业目标的实现。中央财政共安排“两个确保”补助资金608亿元，完成预算的101.2%，主要是执行中增加了农垦企业养老保险支出，基本保证了国有企业下岗职工基本生活费和企业离退休人员基本养老金按时足额发放。安排“低保”补助资金92亿元，完成预算的100%，使2235万城镇低收入居民得到了政府最低生活保障补助。安排专项资金15亿元，支持地方解决部分企业军转干部等生活困难问题，再次提高了优抚对象抚恤补助标准。三是加大对社会事业投入力度，促进经济社会协调发展。2003年，中央财政教育、卫生、科技、文化、体育事业投入857亿元，完成预算的106.8%，主要是在确保各项社会事业正常资金需求的同时，重点解决了一些社会事业发展中的突出矛盾，相应增加了一部分支出。安排国债专项投资20亿元，继续支持农村中小学危房改造工程，力争再用三年左右的时间基本解决农村中小学现存危房问题。积极支持城镇职工基本医疗保险制度、医疗卫生体制和药品生产流通体制改革，支持疾病信息网络体系、疾病预防控制体系和突发公共卫生事件医疗救治体系建设，以及中西部新型农村合作医疗改革试点。加大了科技重点领域和重点项目的投入，安排国家自然科学基金20亿元、国家重点基础研究规划专项经费8亿元、国家“863”计划专项经费45亿元、中科院知识创新工程试点专项经费33亿元，促进了一大批重大科研成果的产生和科技事业发展。启动了送书下乡工程、全国文化信息资源共享工程、国家舞台艺术精品工程等文化项目，建立了老运动员、老教练员医疗保健等专项资金，促进了文化、体育事业发展。
