地方商务主管部门或中央企业总部在收到外汇管理部门的《年检报告书》后，按以下步骤进行年检：
（一）利用境外投资综合绩效评价软件评价境外企业状况，将得分乘以50%，得出境外企业状况得分，并填入《年检报告书》报表五中的“境外投资状况”栏目。综合绩效评价年度统一为2004年。
（二）承担原由我驻外经商机构承担的对境外企业的评价工作。该项评价的内容和标准简化为：1、境外企业是否开办并正常经营（满分6分）；2、境外企业运行中是否存在重大问题（满分4分）。地方商务主管部门或中央企业总部应认真调查、客观评价，必要时，可向我驻外经商机构了解有关情况。
（三）地方商务主管部门或中央企业总部将上述评分（共计10分）连同投资主体及其所办境外企业遵守我国有关境外投资规定情况的分值（共计20分）计入《年检报告书》报表五中的“商务部门或中央企业总部评价”栏目，该栏目的满分分值相应变为30分。
（四）地方商务主管部门或中央企业总部依据各项分值得出的总分确定境外企业年检等级，在《年检证书》上签注等级，同时加盖年检专用章，并将《年检证书》交投资主体持有。
（五）地方商务主管部门或中央企业总部完成年检工作后，将境外投资综合绩效评价系统形成的数据文件以电子邮件上报商务部，发送地址为：pengnanfeng@mofcom.gov.cn；将本年度的年检结果（即境外企业等级情况）发送给商务部，发送地址为：lijian@moftec.gov.cn.
六、年检工作总结
年检部门应依据年检结果，认真总结境外投资的有关情况，形成年检工作报告。地方商务主管部门或中央企业总部应将工作报告于2004年6月30日前上报商务部，地方外汇管理部门应将工作报告及境外投资联合年检基本情况表（可在国家外汇管理局网站www.safe.gov.cn上下载）于2004年6月30日前上报国家外汇管理局。
七、年检数据交叉核对和共享
地方商务主管部门和地方外汇管理部门应在2004年7月15日前互相提供并核对年检汇总数据。
八、档案管理
地方商务主管部门和地方外汇管理部门应将2003年和2004年联合年检的相关材料，归入相应境内投资主体的境外企业档案或者境外投资外汇登记档案一并管理，书面文件保存期限为三年。
九、对未参检企业的处理
