六、总局实行局长负责制，局长领导总局的工作。副局长（纪检组长）、总师协助局长工作。
七、局长召集和主持局务会议和局长办公会议。总局工作中的重大问题，必须经局务会议或者局长办公会议讨论决定。
八、副局长（纪检组长）、总师按照分工负责处理分管工作或受局长委托，负责其他方面的工作或专项任务，并可代表总局进行外事活动。
九、局长出国访问或国内出差期间，由负责常务工作的副局长代行局长职务。副局长（纪检组长）、总师出国访问或国内出差期间，其分管的工作应当委托其他总局领导代管。
第三章 科学民主决策程序
十、总局建立健全领导、专家、群众相结合的决策机制，完善重大决策的规则和程序，推进决策科学化、民主化。
十一、总局负责拟定的税收法律、法规草案，制定的税务部门规章，上报国务院的税收政策建议，总局年度会议、出书、外事、培训计划，总局机关及系统年度预算方案，较大数额的追加预算或重大工程项目等重大决策事项，必须经局务会议或局长办公会议集体讨论决定。
十二、以总局名义上报国务院讨论的立法建议、重要税收政策建议、重大工程或采购项目等，必须以基础性、战略性研究或发展规划为依据，广泛征求基层税务部门意见；需要论证的，应经专家、有关中介机构论证评估或法律分析；涉及其他部门的，要充分协商或征求意见；涉及纳税人权益的，应依法通过社会公示或听证会等形式听取意见和建议。
十三、总局在作出重大决策前，应根据需要通过召开座谈会、研讨会等形式，直接听取其他有关部门、专家学者、基层税务部门、纳税人等各方面的意见和建议。
第四章 依法行政要求
十四、大力推进依法治税，落实依法行政。局内各单位要严格按照法定权限、程序规定行使税收执法权和行政管理权，强化政府责任，不断提高依法行政的能力和水平。
