二、“核查系统”电子底帐数据的查询使用
（一）海关已向进口单位签发纸质进口报关单，但“核查系统”无法查到报关单电子数据时，进口单位应联系海关总署热线电话（010－65195991）查核报关单电子数据传送情况。如查核发现报关单原签发海关未成功上传数据，由总署热线电话值班人员通知进口单位书面向原签发海关申请再次发送相关电子数据。
（二）纸质进口报关单与电子底帐数据不符时，对于未超出海关报关单电子数据存储期限的报关单，进口单位可直接书面向原签发海关申请重新签发进口报关单或修改后重新签发，正常情况下现场海关应予重新签发，如发现可疑情况应查明后区别处理。除海关需补征税款的以外，对超出电子数据存储期限，且自进口之日起未超过三年的报关单，海关不予修改，但须查阅核实海关存档报关单后，出具“进出口货物报关情况证明”（一式三联），一联海关存档，其余两联退进口单位用以办理付汇及核销手续。
（三）根据《
出口收汇核销管理办法实施细则》（［98］汇国发字第012号），对出口后退运（4561）进口货物，海关在办结进口手续后，应根据进口单位的申请签发进口货物报关单证明联并上传报关单电子数据，海关原签发的出口报关单证明联不予收回。
（四）为加快“核查系统”的网络运行速度，海关在“核查系统”内建立 “历史库”，集中存放进口日期为2000年12月31日以前且已结案的进口报关单电子底帐，供外汇局、银行查询。
三、金属矿砂等大宗散装货物进口项下进口报关单金额与付汇金额不符情况下的付汇、核销手续
金属矿砂等大宗散装货物进口，按照国际贸易惯例，进口时先由出口方开具临时发票，货到并检验后再确定实际成交价格。对上述货物，能预知货物实际成交价格（或重量）可能发生变化的，各海关可根据进口单位申请，先凭担保放行货物，待实际成交价格确定后，办理征税结关手续，并签发报关单证明联。
上述货物缴纳税款后，各海关发现应补征税费或进口单位为了正常办理对外付汇而申请补缴税费的，海关可要求进口单位按实际进口数量及价格与原申报数量及价格的差额另行填制一份报关单，验凭有效许可证件，补征税费并完成相关操作后签发报关单证明联，上传报关单电子数据。外汇局需根据原进口报关单、补报后签发的进口报关单、补征税费证明及其他商业单证为进口单位办理付汇、核销手续。
