第二阶段（第二年至第四年）为建设与发展阶段。主要任务：１．在农村三级医疗预防保健网内，贯彻中西医并重的方针，实行“一网多用，两手服务”。建立、完善中医医疗预防保健服务网络；２．加强中医医院的内涵建设，同时，进行中医医院基本设施的填平补缺与配套建设。以县投入为主，中央、省（区、市）及计划单列市或地（市）适当资助；３．分期分批进行各类中医药人员的技术培训提高工作；４．开展各级中医医疗预防保健康复工作，逐步达标；５．由各省（区、市）及计划单列市组织中期检查评估。
第三阶段（第五年）为全面达标与验收阶段。主要任务：１．对照目标，逐项达标；２．进行全面考核与验收工作。
三、组织管理
为了保证各项规划目标有计划有步骤地实施，真正使试点县出思路、出经验、出模式，必须加强组织与管理工作。
（一）必须建立各级管理组织，加强领导与协调工作。
１．国家中医药管理局成立“全国农村中医工作领导小组”，负责对试点县工作的宏观领导。各省（区、市）及计划单列市中医（药）管理局或卫生厅（局）和地（市）卫生局具体负责对试点县工作的领导、扶持、检查、指导，参加对各试点县工作的最后评估验收。
２．由国家中医药管理局聘请有关卫生、中医事业管理专家组成“农村中医工作专家委员会”，负责对试点县工作的业务指导和咨询及进行评估验收。
３．各省（区、市）及计划单列市中医（药）管理局或卫生厅（局）负责对所辖区内的试点县的工作进行经常性检查督促，并负责日常管理和中期测评工作。
４．各试点县成立由县人民政府领导、有关部门负责人组成的县“振兴中医工作领导小组”及中医管理机构。主要职责是：（１）制订本县振兴中医工作的规划和年度计划；（２）制订试点县工作达标的各项具体措施，并组织实施；（３）明确各有关部门为振兴中医工作应承担的责任和义务，并协调督促有关部门完成任务；（４）不定期地对振兴中医工作进行检查督促，使之落实。
（二）制订达标细则，实行目标管理
由各试点县根据本地的特点和实际情况，结合规划目标制订出试点期内各年度达标细则，采取行政的、经济的措施以保证各项工作按期达标。
经过五年试点建设后，凡由国家与省（区、市）及计划单列市中医（药）管理局、卫生厅（局）考核验收达标的县，均授予“全国农村中医工作先进县”荣誉称号，对做出贡献的先进个人亦给予表彰和奖励。
