１、管内收入的清算
凡属于铁路局的管内运输收入，按实际发生额全额清算。
２、直通收入的清算
直通清算实行全路统一单价，单价水平根据全路的直通收入额和直通周转量分客运、行包、货运分别制定，每年按计划测算后公布，实际执行过程中不出现较大偏差时，年度将不再调整。
各铁路局的直通收入按以下公式计算：
直通客运收入＝本局实际完成的直通旅客周转量×当年客运直通单价
直通行包收入＝本局实际完成的直通行包周转量×当年行包直通单价
直通货运收入＝本局实际完成的直通货物周转量×当年货运直通单价
３、“调节收入”的计算
为了调节局间不平衡和支付部集中负担的支出，各铁路局要按“管直”收入的一定比例向部上交“调节收入”。“调节收入”按如下公式计算：
调节收入＝（管内运输收入＋直通清算收入）×调节收入率
调节收入率根据全路的的收入、支出情况每年测算后公布；实际执行中可根据运输情况的变化，管内和直通实行不同的或统一的调节收入率。
４、清算收入的计算
各铁路局的清算收入按以下公式计算：
清算收入＝管内运输收入＋直通清算收入－调节收入＋其他应得收入
其中，其他应得收入是指调节收入的再分配所得、宏观调控奖罚的清算收入和按单项规定分配的各种收入，具体项目和办法根据每年的实际情况公布后执行。
二、成本的控制
铁道部每年根据全路及各局运输生产任务和财务状况，按照实际需要和资金可能，综合平衡，统筹安排，确定全路及各局的成本控制目标。各铁路局要通过强化成本管理、挖潜降耗，按成本目标分级责任制要求，将全局成本目标分解下达。铁路局、分局要加强对站段成本计划管理，严格按计划（预算）执行，努力保证成本目标的实现。
为了加强成本控制的力度，使企业更加注重成本管理，控制成本增长，在铁路局“工效”挂钩办法中，增加工资与成本控制挂钩的内容。另外，部将通过资金的宏观调控来控制铁路局的成本支出。
三、利税的分配
各铁路局按清算收入和国家规定的比例（即：营业税：３％、城建税：０．１５％、教育费附加：０．０９％）上缴营业税及附加；根据国家有关规定，按照计税利润３３％向铁道部上交所得税；税后利润按照国家有关规定进行分配。
