第五条 行业主管部门系统外的单位承担专项经费项目的财政资金应当占各行业专项经费的一定比例，具体比例由行业主管部门确定并报送财政部备案。
第二章 组织管理体系
第六条 行业主管部门应当在财政部、科技部的指导下，组织来自行业主管部门以外的相关部门的管理代表和来自行业协会、科研院所、高等院校等方面的科技、管理、经济等领域的专家，成立专项经费管理咨询委员会（以下简称“委员会”）。专项经费项目组成员和其他可能影响公正的人员，不得担任委员会成员。委员会下可以根据需要设立专家组。
委员会成员一般不少于9人，其中应当保证40%以上的本部门及直属单位以外的人员。委员会主任由行业主管部门领导担任。委员会成员名单报送财政部、科技部备案。
第七条 财政部和科技部的主要职责是：
（一）财政部会同科技部制定专项经费管理办法；
（二）科技部负责对行业主管部门报送的专项经费项目建议提出协调意见；
（三）财政部会同科技部组织专项经费项目预算评审评估；
（四）财政部负责核批专项经费项目总预算及年度预算；
（五）财政部会同科技部组织抽取项目进行项目实施情况年度检查和财务审计，逐步建立专项经费的绩效评价制度。
第八条 行业主管部门的主要职责是：
（一）制定本行业科技发展战略规划；
（二）负责委员会的组建和管理工作；
（三）审核委员会提出的项目建议，并提出项目预算及年度预算安排建议方案；
（四）确定项目承担单位，与项目承担单位签订项目任务书；
（五）组织项目实施方案的评审和协作攻关；
（六）协调处理项目执行中的重大问题，组织监督检查、财务审计、项目验收和对项目经费的绩效考评。
第九条 委员会的主要职责是：
（一）根据行业科技发展战略规划，向行业主管部门提出专项经费项目建议；
（二）提出项目承担单位选择方式建议；
（三）对项目执行的全过程发挥咨询评议作用。
第十条 项目承担单位的主要职责是：
