第二十条 财政部、水利部组织专家对各省、新疆生产建设兵团和农业部上报的申报材料进行合规性审查。
合规性审查通过后，财政部根据各省、新疆生产建设兵团和农业部报送的立项和资金申请文件以及下达的资金控制额度，拨付小农水专项资金。各省财政、水利部门，新疆生产建设兵团和农业部有关部门按照报送财政部、水利部备案的项目建设方案，批复下达和组织实施。
第二十一条 地方各级财政、水利部门要积极推动小型农田水利设施建设项目管理体制改革，明确产权，落实管护责任，探索、创新和建立长效运行机制，确保工程发挥效益。按照谁受益、谁管护的原则，单户工程应明确产权归农户所有，管护归农户负责；联户工程可由受益农户建立农民用水合作组织，工程产权归其所有并负责管护。
第三章 水土保持专项资金使用管理
第二十二条 国家水土保持重点建设工程分期规划，分期实施，每期五年。
财政部、水利部根据国家政策和水土流失治理任务，确定规划范围和重点（简称治理区）。各省财政、水利部门根据国家规划编制省级水土保持重点建设工程五年实施规划，并联合上报财政部、水利部。
财政部、水利部组织专家对各省上报的五年实施规划进行审查和批复。
第二十三条 国家水土保持重点建设项目以政府投入为主。在中央财政增加投入的同时，省、市财政也应切实增加投入。规划治理区财政、水利部门要采取措施，按照筹资筹劳的有关规定，鼓励受益农户参与工程建设。
第二十四条 水土保持专项资金用于规划治理区内的坡改梯、淤地坝、小型水保工程以及营造水保林草和经果林等项目补助支出，主要包括：
（一）材料费。购买水泥、钢材、石材、砂石料、预制构件、炸药等费用。
（二）设备费。小型灌排设备、水土保持监测设备购置费。
（三）机械施工费。施工机械租赁费、台班费。
（四）种籽苗木费。营造水保林、经果林，种草及封禁治理中补植补种所需的苗木、种籽费用。
（五）苗圃基础设施建设费。苗圃土地平整、大棚、配套水利设施、配电设施费用。
