国家工程中心对运行管理的机制和模式进行了积极的探索，采用独立型、相对独立型（依托单位二级机构）、整建制挂牌型和多依托单位联合组建等多种模式，逐步完善了管理制度，协调国家、行业目标与依托单位目标，实现国家工程中心建设宗旨。五年来，绝大部分国家工程中心资产状况良好，经济效益增长较快，年平均增长率接近20%，处于稳定运行发展之中。
为更好地发挥国家工程中心作用，科技部将加大支持力度，采取多种方式支持国家工程中心提高工程化能力和发挥行业作用；同时，通过建立竞争、激励机制，优化国家工程中心整体布局。为此，科技部决定对于在国家工程中心第三次运行评估中表现优秀、良好的国家工程中心（附件一）予以表彰；对于评估结果为问题较多的个别国家工程中心，提出警告或撤消国家工程中心称号（附件二）。各有关国家工程中心主管部门应进一步提高认识，强化国家工程中心运行管理，加强科技基础能力建设，提高科技竞争力和自主创新能力，充分发挥科技支撑作用，为经济社会平稳较快发展做出贡献。
附件1：2007年度国家工程技术研究中心运行评估结果（优秀、良好）
附件2：提出警告或撤消称号国家工程中心名单（略）
科学技术部
二〇〇九年九月八日
附件1：
2007年度国家工程技术研究中心运行评估结果（优秀、良好）
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┃序号 ┃ 工程中心名称 ┃评估分级 ┃
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┃ 1 ┃国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 2 ┃国家金属矿产资源综合利用工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 3 ┃国家计算机集成制造系统工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 4 ┃国家碳一化学工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 5 ┃国家饲料工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 6 ┃国家玻璃纤维及制品工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 7 ┃国家生化工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 8 ┃国家玉米工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 9 ┃国家冶金自动化工程技术研究中心(沈阳) ┃ 优秀 ┃
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┃ 10 ┃国家金属腐蚀控制工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 11 ┃国家杂交水稻工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 12 ┃国家并行机工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 13 ┃国家智能交通工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 14 ┃国家工业建筑诊断与改造工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 15 ┃国家数字交换系统工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 16 ┃国家生物医学材料工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 17 ┃国家电力自动化工程技术研究中心 ┃ 优秀 ┃
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┃ 18 ┃国家建筑工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 19 ┃国家农产品保鲜工程技术研究中心(天津) ┃ 良好 ┃
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┃ 20 ┃ 国家工业水处理工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 21 ┃ 国家蔬菜工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 22 ┃ 国家现代地质勘查工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 23 ┃国家小麦工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 24 ┃ 国家高性能计算机工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 25 ┃ 国家有色金属复合材料工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 26 ┃ 国家数字化医学影像设备工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 27 ┃ 国家冶金自动化工程技术研究中心(北京) ┃ 良好 ┃
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┃ 28 ┃ 国家家畜工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 29 ┃ 国家移动卫星通信工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 30 ┃ 国家遥感应用工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 31 ┃ 国家林产化学工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 32 ┃国家特种泵阀工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 33 ┃ 国家节水灌溉工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 34 ┃ 国家光学仪器工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 35 ┃ 国家新药开发工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 36 ┃国家住宅与居住环境工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 37 ┃国家多媒体软件工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 38 ┃国家非金属矿资源综合利用工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 39 ┃国家仿真工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 40 ┃ 国家有机硅工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 41 ┃ 国家钛及稀有金属粉末冶金工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 42 ┃国家催化工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 43 ┃国家专用集成电路系统工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 44 ┃ 国家特种显示工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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┃ 45 ┃ 国家非金属矿深加工工程技术研究中心 ┃ 良好 ┃
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