组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织起草相关行业发展战略和规划，参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；承担有关规划和建设项目的审核工作；提出国家有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施；组织编制港口规划，承担岸线使用审查工作；承担有关环境保护、利用外资、统计、信息工作。
　　(四)财务司。
　　承担公路、水路行业有关投融资政策拟订工作；承担专项资金、预决算、政府采购、外汇、信贷有关工作；承担机关和直属单位财务及资产管理、内部审计工作。
　　(五)人事劳动司。
　　承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动保护和卫生监督工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；承担有关智力引进和对外劳务合作工作；承办部业务主管社会团体相关事务。
　　(六)公路局。
　　承担公路建设市场监管工作，拟订公路建设、维护、路政、运营相关政策、制度和技术标准并监督实施；承担国家高速公路及重要干线路网运行监测和协调；承担国家重点公路工程设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收工作；承担公路标志标线管理工作；指导农村公路建设工作；起草公路有关规费政策并监督实施。
　　(七)水运局。
　　承担水路建设和运输市场监管工作，拟订水路工程建设、维护、运营和水路运输、航政、港政相关政策、制度和技术标准并监督实施；承担国家重点水路工程设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收工作；承担港口、航道及设施、通航建筑物、引航管理工作；承担船舶代理、船舶管理、理货、港口设施保安、无船承运、船舶交易等管理工作；承担国际和国境河流运输及航道管理工作；起草水路有关规费政策并监督实施；承担对台运输管理工作。
　　(八)道路运输司(出租汽车行业指导办公室)。
　　承担城乡道路运输市场监管，指导城市客运管理，拟订相关政策、制度和标准并监督实施。承担运输线路、营运车辆、枢纽、运输场站等管理工作；承担车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担公共汽车、城市地铁和轨道交通运营、出租汽车、汽车租赁等的指导工作；承担跨省客运、汽车出入境运输管理；按规定承担物流市场有关管理工作。
　　(九)安全监督司(应急办公室)。
　　拟订并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关公路、水路运输企业安全生产监督管理工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；组织协调国家重点物资运输和紧急客货运输；承担国防动员有关工作。

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