1．现场指挥小组根据现场处置方案，召集各处置小组分配任务，各处置小组根据分配任务组织实施。
2．确定船上人员分类：根据先期了解的情况及现场的医学观察和询问，将船上人员分为以下几类：现症病人(症状较重、症状较轻)、既往病人、密切接触者及一般接触者，并确认上述人群总数。
3．现场指挥小组根据评估结果决定船舶是否需要延期开航以及人员是否可以上下等重要事项，及时通知各相关部门。
4．现场指挥小组可根据事件进展情况，对上述决策进行调整，调整后应及时告知船方。若船方对处置方案持有异议，坚持离境，可在检验检疫机关的监督下，准许其离境并通报下一港卫生主管部门。
二、现场控制
现场指挥小组协调口岸各相关单位，组织实施现场控制：
(一)通过船方或直接向旅客告知事件的大致情况及相关处置工作，做好旅客情绪的安抚工作。
(二)协调边防、海事、港务各相关单位采取警戒措施，防止无关人员和船舶靠近。
(三)对可能受染物品、场所实施封控，未经检验检疫机构许可，不得使用。
三、船上人员处置
(一)紧急救治。
对症状较重的现症病人，在采取适当的隔离防护措施的前提下，立即移交指定的卫生机构进行救治。
(二)现场排查。
首先考虑常见传染病，再考虑少见传染病，最后考虑新出现的疾病。主要手段以流调、问讯为主，必要时可进行体温检测、体格检查等以帮助排查，排查具体步骤参照《口岸传染病排查处置基本技术方案》(国质检卫[2008]270号)第二、第三、第四部分的病例排查程序。
(三)流行病学调查。
在基本摸清群体发病情况的基础上，制定流行病学调查方案：
1．调查对象：根据情况要包括现症病人、既往病人。
2．调查范围：根据情况要包括首发病例、最新病例、有重要流行病学意义的病例，如发生消化道疾病时的饮食从业人员等。
3．调查内容：根据呼吸道疾病、消化道疾病和媒传疾病的特性，确定相应的调查和排查内容，具体参照《口岸传染病排查处置基本技术方案》 (国质检卫[2008]270号)第二、第三、第四部分中的病例排查程序。
4．调查方法：采取个案调查与问卷式调查相结合的方式，流行病学调查表见附2，现场指挥小组可根据现场情况对调查表内容进行调整或增减。个案调查采取系统抽样的方法进行，问卷式调查应覆盖所有调查对象。
