（一）科学合理，公正规范。根据客观因素和工作因素，公平、合理、规范地分配资金，避免盲目性和随意性。
（二）突出重点，统筹兼顾。集中资金重点支持粮食生产，向优势产区倾斜，同时兼顾地区和产业间的平衡。
（三）权责对等，分级管理。明确项目实施和资金管理要求，强化各项管理制度建设，分级落实，各负其责。
（四）绩效评价，结果导向。建立项目实施和资金管理的绩效考评制度，推进形成以结果为导向的分配管理机制。
第六条 现代农业生产发展资金根据“客观因素＋工作因素”进行分配。“客观因素”为农业总产值、粮食总产量和耕地面积，按照各省（自治区、直辖市）前3年的算术平均数进行测算。“工作因素”为绩效考评结果、地方财政支农资金整合以及项目资金管理等，按照各地工作的实际情况进行综合评价。中央财政分配给各省的资金总额为客观因素分配数额与工作因素分配数额之和。
第七条 各省（自治区、直辖市）农业总产值、粮食总产量和耕地面积等数据，以《中国统计年鉴》发布的为准。
第八条 中央财政对新疆生产建设兵团和农业部黑龙江省农垦总局给予适当的定额补助。
第三章 资金申请与拨付
第九条 中央财政每年年初向各地下发现代农业生产发展资金立项指南，明确扶持重点、立项条件、工作要求等，并根据当年中央财政预算安排情况，对各省下达现代农业生产发展资金控制规模。
第十条 各省财政部门根据中央财政下发的立项指南和资金控制规模，结合当地现代农业发展实际，会同省级农业（畜牧、水产、农机、农垦）、林业、水利等部门，按照“看得见、摸得着、有指标、能考核”的要求，自主确定资金使用的方向和支持的重点环节，编制立项和资金申请报告并附项目实施方案报财政部备案。立项和资金申请报告内容包括：农业主导产业发展状况、项目建设内容、资金投入情况、资金整合方案、资金具体用途、组织保障措施和项目预期效益等。
第十一条 财政部根据各省上报的立项和资金申请报告以及下达的资金控制规模，拨付现代农业生产发展资金。各省按照报送财政部备案的项目实施方案，组织实施。
第四章 资金使用管理
第十二条 现代农业生产发展资金围绕粮食等优势主导产业，重点支持以下关键环节：
