（三）税务机关与国库部门在办理总机构缴纳的所得税对账时，需要将1010441项“总机构预缴所得税”、42项“总机构汇算清缴所得税”、43项“企业所得税待分配收入”下设的目级科目按级次核对一致。
（四）本办法实施后，缴纳和退还．2007年及以前年度的企业所得税，仍按原办法执行。
（五）本办法自2008年1月1日起执行。《财政部关于印发＜跨地区经营集中缴库的企业所得税地区间分配暂行办法＞的通知》（财预[2002]5号）同时废止。《财政部国家税务总局
中国人民银行关于所得税收入分享改革后有关预算管理问题的通知》（财预明电[2001]3号）中有关跨省市经营企业所得税预算管理的规定同时停止执行。
（六）分配给地方的跨省市总分机构企业所得税收入，以及省区域内跨市县经营企业缴纳的企业所得税收入，可参照本办法制定省以下分配与预算管理办法。
附：1.《2008年政府收支分类科目》修订内容
2.《2008年政府收支分类科目》修订表
附1：
《2008年政府收支分类科目》修订内容
一、对101类“税收收入”04款“企业所得税”科目说明及01项至40项作如下修订：
(一)将04款“企业所得税”科目说明修改为“反映税务机关按《
中华人民共和国企业所得税法》征收的企业所得税”。在01项“国有冶金工业所得税”至39项“其他企业所得税”科目说明末句句号前分别增加“(不包括跨地区总分机构企业汇总缴纳的企业所得税)”。
(二)删去01项“国有冶金工业所得税”至03项“国有煤炭工业所得税”下的所有目级科目；删去04项“国有电力工业所得税”下01目“华能集团所得税”、02目“华北电力集团公司所得税”；删去05项“国有石油和化学工业所得税”至07项“国有汽车工业所得税”，14项“国有建筑材料工业所得税”、18项“国有交通企业所得税”下所有目级科目；删去20项“国有民航企业所得税”下的所有目级科目；删去22项“国有外贸企业所得税”下目级科目；删去24项“国有非银行金融企业所得税”01目“中信集团所得税”、02目“中国银河金融控股有限责任公司所得税”；删去25项“国有保险企业所得税”、27项“国有水产企业所得税”、29项“国有电信企业所得税”、30项“国有农垦企业所得税”下的所有目级科目。
(三)删去33项“股份制企业所得税”下05目“中国吉通网络通信股份有限公司”至07目“中国铝业股份有限公司所得税”，11目“深圳发展银行所得税”至76目“中国东方航空股份有限公司所得税”。
(四)删去40项“企业所得税税款滞纳金、罚款收入”及下设目级科目。将其调至50项“企业所得税税款滞纳金、罚款收入”，01目“内资企业所得税税款滞纳金、罚款收入”、02目“港澳台和外商投资企业所得税税款滞纳金、罚款收入”。科目说明保持不变。
二、为满足跨省市总分机构企业所得税税收征管、汇算清缴、退库、调库等需要，在101类“税收收入”04款“企业所得税”下新增40项“分支机构预缴所得税”、41项“总机构预缴所得税”、42项“总机构汇算清缴所得税”、43项“企业所得税待分配收入”。
(一)40项“分支机构预缴所得税”，科目说明为“中央与地方共用收入科目，反映按《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》分支机构预缴的企业所得税”。下设01目“国有企业分支机构预缴所得税”、02目“股份制企业分支机构预缴所得税”、03目“港澳台和外商投资企业分支机构预缴所得税”、99目“其他企业分支机构预缴所得税”，科目说明均为“中央与地方共用收入科目”。
(二)41项“总机构预缴所得税”，科目说明为“中央与地方共用收入科目，反映按《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》由总机构预缴的企业所得税”。下设01目“国有企业总机构预缴所得税”、02目“股份制企业总机构预缴所得税”、03目“港澳台和外商投资企业总机构预缴所得税”、99目“其他企业总机构预缴所得税”，科目说明均为“中央与地方共用收入科目”。
(三)42项“总机构汇算清缴所得税”，科目说明为“中央收入科目，反映按《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》在汇算清缴时，由总机构补缴的企业所得税和按规定办理的多缴税款退税”。下设01目“国有企业总机构汇算清缴所得税”、02目“股份制企业总机构汇算清缴所得税”、03目“港澳台和外商投资企业总机构汇算清缴所得税”、99目“其他企业总机构汇算清缴所得税”，科目说明均为“中央收入科目”。
(四)43项“企业所得税待分配收入”，科目说明为“中央收入科目。反映《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》规定的企业所得税待分配收入。在中央或地方财政统计跨省市总分机构企业所得税收入时，对本科目不作统计，以免重复计算”。下设01目“国有企业所得税待分配收入”、02目 “股份制企业所得税待分配收入”、03目“港澳台和外商投资企业所得税待分配收入”、99目“其他企业所得税待分配收入”。科目说明均为“中央收入科目”。
三、在101类“税收收入”05款“企业所得税退税”下作如下修订：
(一)01项“国有冶金工业所得税退税”至34项“私营企业所得税退税”，及99项“其他企业所得税退税” 新增科目说明为“不包括跨地区总分机构企业汇总缴纳的企业所得税退税”。
(二)新增35项“跨省市总分机构企业所得税退税”，科目说明为“中央与地方共用收入科目。反映财政部门按‘先征后退’政策审批退库的跨省市总分机构企业所得税(不包括按规定办理的多缴税款退税)”。下设01目“国有跨省市总分机构企业所得税退税”、02目“股份制跨省市总分机构企业所得税退税”、03目“港澳台和外商投资跨省市总分机构企业所得税退税”、99目“其他跨省市总分机构企业所得税退税”。
