（一）预缴方式。跨省市总分机构企业应根据核定的应纳税额，分别由总机构、分支机构按月或按季就地预缴。
预缴方式一经确定，当年度不得变更。
（二）就地预缴。由总机构根据企业本期累计实际经营结果统一计算企业实际利润额、应纳税额，并分别由总机构、分支机构分期预缴。
1．分支机构分摊的预缴税款。总机构在每月或每季终了之日起十日内，按照以前年度（1-6月份按上上年，7-12月份按上年）各省市分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素，将统一计算的企业当期应纳税额的50％在各分支机构之间进行分摊（总机构所在省市同时设有分支机构的，同样按三个因素分摊），各分支机构根据分摊税款就地办理缴库，所缴纳税款收入由中央与分支机构所在地按60：40分享。分摊时三个因素权重依次为0.35、0.35和0.3。当年新设立的分支机构第二年起参与分摊；当年撤销的分支机构第二年起不参与分摊。
分支机构经营收入，是指企业在销售商品或者提供劳务等经营业务中实现的全部营业收入。其中，生产经营企业经营收入是指生产经营企业销售商品、提供劳务等取得的全部收入；金融企业经营收入是指金融企业取得的利息和手续费等全部收入；保险企业经营收入是指保险企业取得的保费等全部收入。
分支机构职工工资，是指企业为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬及其他相关支出。
分支机构资产总额，是指企业拥有或者控制的除无形资产外能以货币计量的经济资源总额。
各分支机构分摊预缴额按下列公式计算：
各分支机构分摊预缴额＝所有分支机构应分摊的预缴总额×该分支机构分摊比例
其中：
所有分支机构应分摊的预缴总额＝统一计算的企业当期应纳税额× 50％
该分支机构分摊比例＝（该分支机构经营收入／各分支机构经营收入总额）×0．35＋（该分支机构职工工资／各分支机构职工工资总额）× 0．35＋（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）× 0．30
以上公式中，分支机构仅指需要参与就地预缴的分支机构。
2．总机构就地预缴税款。总机构应将统一计算的企业当期应纳税额的25％，就地办理缴库，所缴纳税款收入由中央与总机构所在地按60：40分享。
3．总机构预缴中央国库税款。总机构应将统一计算的企业当期应纳税额的剩余25％，就地全额缴入中央国库，所缴纳税款收入60％为中央收入，40％由财政部按照2004年至2006年各省市三年实际分享企业所得税占地方分享总额的比例定期向各省市分配。
四、预缴税款缴库程序
（一）分支机构分摊的预缴税款由分支机构办理就地缴库。分支机构所在地税务机关开具税收缴款书，预算科目栏按企业所有制性质对应填写1010440项“分支机构预缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60％，地方40％”。
（二）总机构就地预缴税款和总机构预缴中央国库税款由总机构合并办理就地缴库。中央地方分配方式为中央60％，企业所得税待分配收入（暂列中央收入）20％，总机构所在地20％。总机构所在地税务机关开具税收缴款书，预算科目栏按企业所有制性质对应填写1010441项“总机构预缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏按上述分配比例填写“中央60％、 中央20％（待分配）、地方20％”。
国库部门收到税款后，将其中60％列入中央级1010441项“总机构预缴所得税”下有关目级科目，20％列入中央级1010443项“企业所得税待分配收入”下有关目级科目，20％列入地方级1010441项“总机构预缴所得税”下有关目级科目。
五、汇总清算
各分支机构不进行企业所得税汇算清缴，统一由总机构按照相关规定进行。总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除总机构和各境内分支机构已预缴的税款，多退少补。
（一）补缴的税款由总机构全额就地缴入中央国库，不实行与总机构所在地分享。总机构所在地税务机关开具税收缴款书，预算科目按企业所有制性质对应填写1010442项“总机构汇算清缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60％，中央40％（待分配）”。
国库部门收到税款后，按共享收入进行业务处理，将其中60％列入中央级1010442项“总机构汇算清缴所得税”下有关目级科目，40％列入中央级1010443项“企业所得税待分配收入”下有关目级科目。
（二）多缴的税款由总机构所在地税务机关开具收入退还书并按规定办理退库。收入退还书预算科目按企业所有制性质对应填写1010442项“总机构汇算清缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60％、中央40％（待分配）”。国库部门办理时，按共享收入进行业务处理，将所退税款的60％列中央级1010442项“总机构汇算清缴所得税”下有关目级科目，40％列中央级1010443项“企业所得税待分配收入”下有关目级科目。
六、财政调库
财政部根据2004年至2006年各省市三年实际分享企业所得税占地方分享总额的比例，定期向中央总金库按目级科目开具分地区调库划款指令，将“企业所得税待分配收入”全额划转至地方金库。地方金库收款后，全额列入地方级1010441项“总机构预缴所得税”下的目级科目办理入库，并通知同级财政部门。
七、其他
（一）跨省市总分机构企业缴纳的所得税税款滞纳金、罚款收入，不实行跨地区分享，按中央与地方60：40分成比例就地缴库。需要退还的所得税税款滞纳金和罚款收入仍按现行管理办法办理审批退库手续。
（二）财政部于每年1月初按中央总金库截至上年12月31日的跨省市总分机构企业所得税待分配收入进行分配，并在库款报解整理期（1月1日至1月10日）内划转至地方金库；地方金库收到下划资金后，金额纳入上年度地方预算收入。地方财政列入上年度收入决算。各省市分库在12月31日向中央总金库报解最后一份中央预算收入日报表后，整理期内再收纳的跨省市分机构企业缴纳的所得税，统一作为新年度的缴库收入处理。
