项目管理费由“质量工程”领导小组办公室每年根据实际工作需要提出年度预算建议数，经财政部审定后在年度“质量工程”专项经费预算中安排。
第十一条 “质量工程”专项资金的开支范围和标准要严格执行国家有关财经法规的规定。
第十二条 凡应实施政府采购的支出项目，必须按照《
中华人民共和国政府采购法》的有关规定执行。单件（套）设备与软件购置费用超过（含）200万的，需要组织专家论证。
第十三条 凡使用“质量工程”专项资金形成的资产均属国有资产，应纳入项目单位资产统一管理，合理使用，精心维护。
第十四条 “质量工程”专项资金不得用于土建、各种罚款、还贷、捐赠赞助、对外投资以及与“质量工程”项目无关的其他支出。
第四章 决算管理
第十五条 年度终了，项目单位应将“质量工程”专项资金收支情况纳入年度单位决算，统一编报。
第十六条 按现行预算管理体制，中央部门所属学校项目决算由主管部门汇总后报送财政部，由财政部审批。地方所属学校项目决算由省级教育厅（局）汇总后报送省级财政厅（局），由省级财政厅（局）审批。
第五章 监督检查与绩效考评
第十七条 根据《
高等学校本科教学质量与教学改革工程项目管理暂行办法》和本办法的规定，财政部会同教育部可根据需要组织专家或委托中介机构对专项资金的使用和管理进行专项财务检查或中期评估。专项财务检查和中期评估的结果，将作为调整项目预算安排、按进度核拨经费的重要依据。
第十八条 项目单位应保证按规定用途使用资金，并建立健全责任制，项目负责人对资金使用的合法性、合理性和有效性负责，学校财务、教学管理部门等按职责承担相应责任。
