WTO争端解决机制中的“磋商原则”和民事诉讼中的“调解原则”并不相同。前者是争端解决的必经程序，后者并不是必须的程序。“斡旋、调停、调解”国际公法的概念，是政治的解决方法，这与民事诉讼制度是明显不相容的。“仲裁”是与民事诉讼并行的制度，国内中“仲裁条款”有排除法院管辖的效果，这与WTO争端解决机制兼容“仲裁”解决方式也是明显不同的。“协商一致”是国际关系中常用的手段，但是在国内的民事诉讼制度中没有此规定。民事诉讼制度中，执行机关只能是法院，当事人不能单方面采取救济，DSU中的“授权救济”只是没有强制执行机关的无奈之举而已。
4、两者的管辖范围不同
根据DSU第1条的规定，WTO争端解决机制的管辖范围包括涉及以下协定的争端：《关于建立世界贸易组织的协定》、附件一中的多边贸易协定、附件四规定的诸边贸易协议等。而根据
民事诉讼法第
三条，民事诉讼制度适用的范围是因财产关系和人身关系提起的民事诉讼。
5、争端解决机构的性质和作用不同
WTO争端解决机制中虽然设有专门的争端解决机构DSB，但DSB的主要职能是负责管理这些规则和程序及适用协定的磋商和争端解决规定。DSB不具有裁决的职能，但它有权设立专家组或上诉机构来裁决具体的争端。专家组和上诉机构的裁决报告都必须由DSB审议通过。（虽然DSU中采用“否定式协商一致”后，实际上相当于准自动通过程序，但其裁决的结果仍然不能独立生效）民事诉讼制度中，民事案件的审判权由人民法院行使[31]。人民法院是民事争议的解决机构，其可以行使审判权，而不是仅仅进行组织管理。当然具体的审判工作是由审判组织来进行的，审判组织既可以是合议庭也可以是审判员一人独任审理。[32]在上诉审中，由合议庭审理。审判组织并不是独立的机构而是一个临时的审判人员组合而已，但是WTO争端解决机制中的上诉机构是一个常设机构，由七人组成。民事诉讼制度中，法官是独立审判的，法官个人或合议庭作出的裁决无须任何专门机构人员审议，也不受行政机关、社会团体和个人的干涉[33]，经过一定的期间，如无人上诉其裁决则自动生效。[34]
五、其他不同点与WTO争端解决机制中的特色制度
WTO争端解决机制中有几个颇有特色的制度，如中期评审程序[35]，听证会制度[36]，非违反之诉[37]，法庭之友制度等等。其中法庭之友制度引起了很大争议。该制度在DSU中缺乏明确的法律依据，它是以个案为标志的。实践中，专家组接受“法庭之友”报告所依据的是DSU第13 条第1 款、第2 款，而上诉机构接受该报告所依据的是DSU第13 条、第17条第9 款和《工作程序》第16 条第1 款。 “法庭之友”中大部分是非政府组织，一些非政府组织关注的环境保护、劳工、人权等问题，都是发展中国家较为敏感的，不愿在WTO 中解决的问题，为此“法庭之友”制度遭到很多发展中国的攻击。但是，也有越来越多的人认识到其价值。
