民事诉讼制度是国内程序法的范畴，其核心法律文件《
民事诉讼法》本质上是由国家强制力保障实施的制定法。根据《
民事诉讼法》第
四条[9]和第
五条[10]知道，凡是在中华人民共和国领域内进行民事诉讼的公民、法人都必须适用中国的民事诉讼制度[11]。
民事诉讼法不允许当事人通过协议排除适用，也不允许当事人选择适用或有所保留。
2、两者目的不尽相同
WTO争端解决机制的虽然和民事诉讼制度一样都有解决纠纷的目的，但是DSU明确青睐各方协商同意的解决方法，以此表明了以政治方式解决贸易争端的可能性。[12]对世界贸易秩序的争端解决历史上发挥过重要作用的政治因素[13]，在DSU第5条提到了斡旋、调解和调停，而且还进一步将事先的磋商作为争端解决的强制性前置程序。[14]其实WTO争端解决机制的根本目的在于保证使争端得到积极解决。[15]而民事诉讼制度的根本目的在于维护社会秩序、经济秩序，保障社会主义建设事业顺利进行。[16]民事诉讼制度更强调社会秩序的维护，而不只是当事人争议的积极有效解决，当事人争议的解决要在维护社会秩序的前提下进行。民事诉讼中，虽然是平等主体之间的纠纷，但是也收到更多的国家强制力的影响。
WTO争端解决机制中还有一项重要的目标是：维护WTO成员的权利与义务，即争端解决机构在解决争端、做出裁决时，不能增加或减少成员方的权利与义务。这与民事诉讼制度的保护当事人诉讼权利，保障当事人民事权益的目的是不完全相同点。民事诉讼制度中的维护当事人权利，强调的是被害人的诉讼权利和民事权利不受侵害的权利，而WTO争端解决机制中强调的是维护WTO所有成员的权利和义务。WTO各种有关的争端解决办法都不能取消或损害WTO成员的利益或妨碍WTO目标的实现。但是，在民事诉讼中，为了保护被害人的权利得到救济以及惩罚侵害人，法院可以判决减损侵害人的权利来给被害人补偿。
3、两者的原则不同
DSU确立的WTO争端解决机制的基本原则[17]有：磋商原则[18]，斡旋、调停、调解和仲裁原则[19]，否定式协商一致原则[20]，授权救济原则[21]，法定时限原则[22]，保护发展中国家利益原则[23]。
民事诉讼制度确立的基本原则[24]有：当事人诉讼权利平等原则[25]、同等原则与对等原则[26]、法院调解自愿与合法原则[27]、辩论原则[28]、处分原则[29]、检察监督原则[30]。
